探索機を救った一騎の行動は、結果的に新国連に竜宮島の存在を知らせることになってしまった。新国連のギャロップ事務総長は、島の破壊をにおわせ、史彦にファフナーの引渡しを要求する。その頃、真矢たちもアルヴィスのスタッフとしての訓練に勤しんでいたが、体の弱い翔子はアルヴィス内で意識を失い、倒れてしまう。病室に搬送された翔子を見舞う真矢、甲洋、そして一騎。真矢に憧れの一騎を連れて来てもらったことを素直に喜ぶ翔子だが、彼女を密かに想う甲洋は、内心面白くない。いよいよファフナー飛行型・マークゼクスを新国連に引き渡す日。竜宮島を目指す輸送船団の行く手に、スフィンクス型フェストム出現する。船団を守るため、心ならずも一騎にマークエルフ出撃を命じる総士。「生きて戻って来てね……私はあなたの戻る場所を守っています」コクピットに乗り込む一騎を、翔子は言葉に表せる精一杯の気持ちで送り出す。待ち受ける過酷な宿命にも挫かれることのない、約束を信じて……。