エスタブールが反乱を起こし、シオンはクラウ・クロム少将を反乱鎮圧に向かわせる。

松代郊外でミステリーサークルが発見されたというニュースがマヤたちの元に届き…!?

とある砦で「勇者の遺物」探しをしていたライナたちは、そこで不思議な兄妹に出会う。

様子がおかしいこずえに対し、マヤと亜美は色々なオカルトネタを出して見せるのだが…。

両国間の緊張が高まるなか、シオンとネルファ皇国王、グリード・ネルフィの会見が開かれる。

両親を亡くして以来10年ぶりに帰郷した慎は、連続発生している猟奇事件に巻き込まれてしまい…。

皆神山の一件で文明を見限ったマヤは、一人でも予言を止めてみせると決意する。

「勇者の遺物」を探す旅に出たライナとフェリスは、古い時代の遺跡が残る皇国を訪れる。

スマイルとJKはダウジングで、文明は美風と共に、神隠しにあったマヤたちの行方を追う。

ローランド王によって投獄されていたライナは、牢獄内でとある研究を行っていた。

オカルト学院のまわりで、町の人々が次々に消えていく“神隠し”が発生し…。

エスタブール王国のローランド領土進軍に伴い、生徒たちにも出兵命令が下るのだが…。

オカルト学院の廃校を目論むマヤは、父・純一郎の後を引き継いで学長の座に着くのだった。

黒装束の男たちに襲われ、窮地に立たされたシオンの前に、ひとりの美少女が現れる。

エド、アルの長い旅路がいま終わりを迎える。

アメストリスの命運をかけた最後の戦い！

私立ヴァルトシュタイン学院、通称「オカルト学院」に神代マヤという美少女が現れる。

卓越した剣技を持つライナとフェリスは、「勇者の遺物」が眠る遺跡を目指し旅に出る。

お父様の賢者の石を消滅させるべく、ロイたちはありったけの力で攻撃を仕掛けるが…。

アメストリス国民全員の命を使い、お父様は天の扉から強大な力を引き出すのだった…。

エドとアル、そしてメイたちは、国土錬成陣の発動までにお父様やセリムを倒そうとする。

金歯医者とロイの対決場所に、死んだと思われていたブラッドレイが姿を現し…。

真理の目の中へと引きずり込まれたエドは、アルたちと共にお父様の間に放り出される。