鎌切大作（前田拳太郎）、深草丘十郎（奥智哉）、松永新之丞（杢代和人）、南無之介（羽谷勝太）は、頭取・芹沢鴨（三浦涼介）に命じられ、遠出の任務に赴くことに。京の郊外にある、水戸藩別邸の修繕の手伝いに駆りだされたのだ。長州藩をはじめとする討幕派の勢いが増し張り詰めた空気がみなぎる町中とは異なり、穏やかな田舎町で、つかの間の休息のような楽しい時間を過ごす4人。

京の街中で、長州藩士・庄内玄悟（上野凱）が会津藩の役人に斬りかかる事件が起きた。駆けつけた原田左之助（柊太朗）や斎藤一（庄司浩平）らが阻止するも、会津藩主・松平容保（味方良介）は自分たちの動きが討幕派に把握されていることを疑い、壬生浪士組の中に情報を流している間者がいるのではないかと怪しむ。

恋した遊女とひそかに会っていたところを抑えられ、長州との間者ではないかと疑われた渋皮喜平（簡秀吉）はその夜以来、隊士たちの前から姿を消した――。深草丘十郎（奥智哉）は先輩隊士から「渋皮は実家に帰された」と聞かされるが、彼が粛清されたことを察した鎌切大作（前田拳太郎）は罪悪感に苛まれ、吐き気が止まらずにいた…。

頭取・芹沢鴨（三浦涼介）を粛清した壬生浪士組は局長・近藤勇（高野洸）、副長・土方歳三（阪本奨悟）が束ねることとなり、同時に会津藩主・松平容保（味方良介）から“新選組”という新たな隊名を拝命する。しかし、芹沢の最期に大きなショックを受けた深草丘十郎（奥智哉）は、剣を握ると手が震えて力が入らなくなってしまう。

鎌切大作（前田拳太郎）が新選組局長・近藤勇（高野洸）に渡した討幕派の密書には、祇園祭の賑わいに乗じ、京の市中に火を放ち、どさくさにまぎれて幕府転覆計画を遂行すること、そのための会合を旅館の“池田屋”で開くことが記されていた。近藤は「このままだと大勢の人が死にます」と震えながら訴える大作を信じる決断を下し、隊士たちは慌ただしく出陣準備を進める。

“池田屋事件”の夜、鎌切大作（前田拳太郎）を守るため、父の仇・庄内玄悟（上野凱）を斬った深草丘十郎（奥智哉）。初めて人間を斬った感触がまとわりつき、屯所に戻っても手の震えが止まらずにいた。ついに“仇同士”になってしまった2人は、後戻りのできない壮絶な運命にもがき苦しむことに…。討幕派の計略を未然に防いだ功績により、新選組は会津藩主・松平容保（味方良介）から報奨金を賜ることとなった。

局長・近藤勇（高野洸）が呼び寄せた伊東甲子太郎（駒木根葵汰）とその弟・鈴木三樹三郎（松本仁）が、新選組に加入した。甲子太郎は水戸で学問を修め、交渉術にも長けていることから“参謀”として招へいしたのだが、近藤から一切相談のなかった副長・土方歳三（阪本奨悟）は猛反発。兄弟を信用することができず、2人をひそかに探るよう、斎藤一（庄司浩平）に命じる。

伊東甲子太郎（駒木根葵汰）、鈴木三樹三郎（松本仁）兄弟に逆らった鎌切大作（前田拳太郎）が、深草丘十郎（奥智哉）ら落ちこぼれたちが集う組に戻って来た。人を斬る前の本来の丘十郎に戻ってほしいと願う大作は何かと丘十郎を話しかけるが、自分は隊士として“正しい道”を歩んでいると信じる丘十郎は拒絶。2人はすれ違ったままだった。そんな中、甲子太郎たちが京都の郊外に暮らす水戸学の師のもとまで挨拶に赴くことに。

新選組局長・近藤勇（高野洸）が不在の折――山南敬助（永田崇人）が、副長・土方歳三（阪本奨悟）につかみかかる事件が起きた。山南は沖田総司（藤岡真威人）が肺を病んでいることに気づき、今すぐ休ませるべきと進言したのだが、組織の体面を重んじる土方の口から出たのはあまりに非情な決断だったのだ…。

山南敬助（永田崇人）の謀反と切腹は、新選組隊士たちにかつてないほど大きな衝撃と悲しみをもたらした。山南が命をかけて遺した言葉に揺れながらも隊士として生きようとあがく深草丘十郎（奥智哉）は涙をこらえ、鎌切大作（前田拳太郎）は感情を抱え込んで苦しむ彼を案じていた。一方、ショックを受けた松永新之丞（杢代和人）は熱を出して寝込み、南無之介（羽谷勝太）は自身も傷つきながら懸命に看病する。

新選組を辞めると言いだした松永新之丞（杢代和人）に、鎌切大作（前田拳太郎）と深草丘十郎（奥智哉）は驚きを隠せない。新選組には“脱走、脱退は見つけ次第、連れ戻し切腹”という掟があり、それゆえ山南敬助（永田崇人）も切腹に至ったのだ。しかし、新之丞は山南の最期の教えがあったからこそ、斬りあう虚しさに気づきながら見て見ぬふりをしてきた自分の気持ちを確認できたと告白。

新選組屯所を飛び出したきり、なかなか帰ってこない南無之介（羽谷勝太）…。鎌切大作（前田拳太郎）、深草丘十郎（奥智哉）、松永新之丞（杢代和人）らが案じていると、豪商・鵺野の手下の残党たちから、「南無之介は預かった」という脅迫状が届く。大作は長州側の罠ではないかと怪しむものの、とにかく南無之介を救出しなければと焦る3人は、先輩隊士の原田左之助（柊太朗）、斎藤一（庄司浩平）の助けを得て、敵が待ち受ける廃屋に乗り込む。

慶應2年1月――鎌切大作（前田拳太郎）は深草丘十郎（奥智哉）を守るため、夜な夜なひそかに長州藩士を斬り続けていた。その頃、新選組幹部たちはいつになったら第二次長州征伐に出動できるのか気をもんでいた。新選組は長州征伐に向けての会合に加わらせてもらえず、詳細な情報が入って来ないままだったが、どうやら幕府は薩摩藩から出兵の返事を引き延ばされているようだった。これほどまでに武勲を立てても新選組はなぜ政治から外されるのか…!?

深草丘十郎（奥智哉）と歩む道を模索し、桂小五郎（荒牧慶彦）を斬るつもりでいた鎌切大作（前田拳太郎）。しかしその直前、坂本龍馬（佐藤流司）と交流をもっていた丘十郎が間者疑惑をかけられてしまう。ところが、伊東甲子太郎（駒木根葵汰）によって、大作こそが真の裏切り者であることが幹部たちに暴露され…。疑惑が晴れた丘十郎は、土方歳三（阪本奨悟）から真実を告げられがく然！　そして裏切り者を斬れと命じられるが…!?

新聞記者のスミレは、結婚を意識していた彼氏にフラれ、仕事も左遷され、人生のどん底にいた。

次に誰かと付き合うなら、自分に劣等感を持たない人と決めていたスミレは、取材で知り合った御曹司・伊集院とデートする。

再会した初恋の相手・蓮實と食事に行ったスミレは、その帰りに家の前で彼とキスをする。

蓮實に急接近する受付の福島さんに阻まれながらも、勇気を奮って自分の気持ちを伝えたスミレは、蓮實と付き合うことに。

高原へ遠出デートにやって来たスミレと蓮實は、お泊りしていくことに。

ストーカーに追われる福島さんを家に泊めたことを打ち明けてくれない蓮實に不信感を抱いたスミレは、眠れない夜を過ごす。

巷談新聞社の社員旅行。色気仕掛けの福島さんにされるがままの蓮實に機嫌を損ねたスミレは、モモが偶然同じ旅館に来ていることを知り、一緒に帰る約束をする。

スミレは取材した平野に頼まれ、彼の末期ガンの妻・エミリーに会う。

突然お見合い話を持って家を訪れた姉のシノブに、スミレは彼氏がいると言って切り抜けようとするが、蓮實のこともモモのことも調査済みのシノブはスミレに決断を迫る。

ソウル転勤をきっかけに、蓮實からプロポーズされたスミレ。瞬く間に広まったその噂を耳にした福島さんは失望するが、すでに伊集院を新たなターゲットにしていた。

突然モモからベッドに押し倒され、思わず殴ってしまうスミレだったが、モモが大事な公演を控え大きなプレッシャーを抱えていることを知る。

福島さんが蓮實に告白するところを目撃してしまったスミレ。しかし、デートに遅れてきた蓮實を問い正すことはできなかった。

酔った勢いで福島さんと関係を持ってしまったと思い込む蓮實は、言われるままに彼女をペットとして家に置くことに。

ダンス公演で立ち寄ったソウルのカフェで腕を組む蓮實と福島さんを目撃したモモは、思わず二人の後を追いかける。

ソウルに帰って来た蓮實は、スミレとの結婚を福島さんに伝えようとするが、いつの間にか気になる存在になっていた彼女になかなか打ち明けることができない。

ソウルに到着したスミレを迎えに行こうとした蓮實は、福島さんが病院に搬送されたことを知って急行する。