陸軍501機関所属の完全義体のサイボーグ。操作技術は他のサイボーグを凌駕し、ハッカースキルも超ウィザード級とされる。501機関からの独立を望んでいる。恩人である上官の容疑を晴らすべく捜査を開始する。
通称『部長』と呼ばれる公安9課の長。旧調査部出身。国家安全を脅かす凶悪犯罪を未然に防ぐために内閣総理大臣直轄の攻性の捜査機関設立を目論んでいる。軍人が収賄容疑中に殺された事件を捜査中、素子と出会う。
『眠らない眼』と呼ばれる義眼を持つ陸軍空挺特科第一出身の元特殊部隊員の大男。全身のほとんどを義体化している。戦闘経験を持ち、特に電子戦を得意とする。同僚を自走地雷で殺され、捜査の過程で素子を疑う。
新浜県警刑事部の特捜刑事。電脳化はしているが体はほとんど生身のままであり、妻帯者である。刑事として状況の積み重ねによる推理考察を得意とし、弾詰まりなどの事故が少ないリボルバーを愛用している。
元軍属。電脳を使い情報の解析、捜査を得意とする。
元海兵部隊のエーススナイパー。左目に遠距離狙撃を可能とする特殊な義眼を持つ。
陸軍警察の潜入調査員。階級は中尉。ナイフなどの近接格闘術を得意とし、内偵調査などで培った経験から、人を欺くことに長けている。旧態依然とした組織に身を置きながら自らの能力を生かす場を求めている。
元軍属。義眼の巨漢。爆発物の知識があり、電脳戦にも長ける。
熱光学迷彩装備の歩兵兵站用輸送支援車両。型番はLCM22。指揮官を識別し自律支援する程度の発展型の人工知能は持ち合わせている。公安9課に試験配属されており、搭乗スペースは未搭載。
陸軍501機関の長。義体化部隊を率いて国内外問わず、草薙素子と任務をこなしてきたが、上官の死により後任として指揮をとることになった。戦後の組織再編が進む中、解体の汀にある組織存続に尽力している。
陸軍501機関所属の戦闘サイボーグ。霧や水砲にスタンガンを組み合わせるという、対電子機器攻撃を得意としている。501機関の戦術教官の1人。
陸軍501機関所属の戦闘サイボーグ。薩摩示現無双流棒術の達人で、501機関の格闘技研究機関の1人。寡黙で、不言実行を地で行く人物。肩甲骨部分に隠し火器を搭載している。
陸軍501機関所属の電子戦の戦術士官であるサイボーグ。一卵性双生児の2人の脳を1つの義体に載せた電脳を持ち、常に対話と思考をしているらしい。草薙が使う義体のチューニングやメンテナンスを担当している。
元501機関の長である全身義体の軍人。草薙素子を育て上げた恩人とも言える人物でもある。高潔で不正とは程遠い、軍人らしい軍人だが、兵器密売に関わる収賄容疑が持ち上がる中で何者かに殺されてしまった。