エイリア学園との激しい戦いを終え、そしてもとの仲間であるダークエンペラーズに想いを伝えた円堂たち雷門イレブン。再び、自分たちの好きなサッカーを楽しめるようになり、それぞれが自分のチームへと戻るときを迎えた。いつものように鉄塔広場で特訓をしていた円堂のもとに、吹雪が訪れる。円堂は明日、北海道に戻るという吹雪と、これまでの戦いを振り返る。エイリア学園・ジェミニストームとの戦いに、傷つき倒れていく仲間たち。打倒エイリア学園のため、新監督に瞳子を迎えて旅立ったイナズマキャラバン。エースストライカー・豪炎寺との別れと、新たな仲間との出会い。吹雪を迎えた雷門イレブンは、3度目の挑戦でついにジェミニストームを破るが、彼らの前に新たなチームが現れ……。