アマタたちの前にミカゲが操る「黒いアクエリオン」が、その姿を現わす。ミカゲの心の迷宮に閉じ込められたカグラは、そこで囚われたゼシカに遭遇する。ゼシカは、ミカゲの暴走を止めるため、自分を殺して欲しいとカグラに懇願するのであった――。一方、ミカゲの乗る「黒いアクエリオン」の圧倒的なパワーに、アクエリオンEVOL一機では全く為す術がない。最大のピンチを前に、アマタ、アンディ、カイエン、ユノハらエレメントたちが集結。持てる力をすべてを発揮する――。2万年と4千年前より続く神話の結末がついに紡がれる……。