杜学園高等部へと転入した慎。学園では“影抜き”と呼ばれる奇妙な儀式が流行していて…。

またも不可解な猟奇事件の現場に居合わせてしまった慎に、諒は異様な剣幕で街を出るよう命じる。

両親の仕事場だったアトリエで思い出の品を探しあてて懐かしむ慎と洵だったが…。

拓朗の友達が行方不明になっていると知った慎は、海岸のライブハウス跡を訪れる。

大雪で空港に足止めされてしまった一日署長の代役として現れた、ふたりの半日署長とは…!?

慎たちは稀人に襲われたショックから立ち直れずにいた悠美を誘い、温泉旅館へとやってきた。

慎たちのクラスに、ミステリアスな転校生が現れた。その美少女は、守本叶鳴と面識があるようで…。

帰郷以来、諒への気まずさが日常になったまま鬱々としていた慎を、二階堂映子がドライブに誘う。

不意に訪ねてきた山咲まゆりと共に、諒と洵は奇異にして不可解な休日の午後を過ごすこととなる…。

学園内で密かに結成された「影抜きサークル」。サークルの中心人物が叶鳴だと知った慎たちは…。

諒は、かつて警察が極秘裏に進めていた特殊部隊計画に共に関わっていたある男と、不意の再会をする。

新たなペルソナ潜在者リストを得た稀人たちは、再び綾凪市にリバース事件の惨禍をもたらそうとしていた。

突然の訃報に悲しみに暮れる慎は亡き影と真相を追い求め彷徨い続ける…。

諒の失踪と“リバース”事件の周知を受け、綾凪署へ赴任していた真田明彦が慎のもとを訪れる。

マレビトたちとの戦いを前に、拓朗とめぐみは己のペルソナに対して不安を抱き始めていた…。

負傷した洵を前に、慎は諒が自分たちを遠ざけようとしていた気持ちを実感するのだった…。

洵は謎の少女に心惹かれてゆく。そんなふたりを尾行していた慎が目にしたものとは…。

日常が静かに異様さを増し始めるなか、拓朗は生き別れになっていた父親を名乗る女性と出会う。

稀人たち有する複合ペルソナとの決戦を前に、慎と洵はふたりの時間を過ごすのだった。

慎はペルソナの研究に関与していた柊社長から、諒だけが知っていた両親の過去についての真実を知らされる。

思想も理念もなく、失った愛娘を蘇らせるという一念に衝き動かされていた九條は…。

自身の記憶が造られたものであり、九條によって操られていたことを知った叶鳴は…。

10年前に突如起こった同時多発事故。その瞬間、爆心地と呼べる海岸には両親とともに諒がいて…。