マルコーたちの嘆願により、マイルズは捕らえたスカーを一旦釈放する事にするが…。

ホークアイから伝えられた暗号により、ロイは大総統の息子・セリムの正体を知る。

マイルズらブリッグズ要塞の面々は、キンブリーとその部下たちを始末しようと動き出す。

スカーの兄の書に細工を施したメイは、そこに秘められていた一つの錬成陣に辿りつく。

スラムに身を寄せていたマルコーは、巨大化したエンヴィーに捕らえられてしまう。

中央軍司令部へ潜入したビドーは、そこで今はリンの姿となっているグリードに遭遇する。

東部の街・ユースウェルを訪れたメイは、その街の人々から手厚いもてなしを受ける。

「約束の日」を前に自宅へ戻ったウィンリィは、そこでエドと思わぬ再会を果たす。

エドたちの前に突然現れたアル。リンは、そんなアルの異様な気配を感じ取るのだった。

ハインケルは、どんなに攻撃しても倒れる気配のないプライドに苦戦を強いられる。

グラトニーの能力を手に入れたプライド。その力の前に、エドたちは成す術がなく…。

ブラッドレイ夫人を人質に取り、ロイ一派はついに中央司令部に対して反乱を起こす。

軍上層部により解き放たれた大量の人形兵たちが、エドたちの元へ一斉に襲い掛かる。

賢者の石の力を使うアルは、プライドとキンブリーを相手に互角の戦いを繰り広げる。

「ヒューズを殺したのはお前か」と尋ねるロイに対し、エンヴィーが見せた答えとは…。

ロイは、長年追い求めてきた仇敵・エンヴィーを前に、とどめを刺そうとするのだが…。

兵士たちのために戦おうとするアームストロングたちの元に、意外な人物が助けに入る。

ホーエンハイムは、53万6329人の魂を使いお父様の身体を内側から破壊しようとする。

地下を進むエドやロイたちは、その途中の広間にて金の差歯をした医者と出会う。

真理の目の中へと引きずり込まれたエドは、アルたちと共にお父様の間に放り出される。

金歯医者とロイの対決場所に、死んだと思われていたブラッドレイが姿を現し…。

エドとアル、そしてメイたちは、国土錬成陣の発動までにお父様やセリムを倒そうとする。

アメストリス国民全員の命を使い、お父様は天の扉から強大な力を引き出すのだった…。

お父様の賢者の石を消滅させるべく、ロイたちはありったけの力で攻撃を仕掛けるが…。

アメストリスの命運をかけた最後の戦い！

エド、アルの長い旅路がいま終わりを迎える。