国家錬金術師の査定日を前に、「綴命の錬金術師」のタッカーは焦りを募らせていた。

神出鬼没にして国家錬金術師ばかりを殺害する傷の男・スカーがエドたちの前に現れる。

壊れた機械鎧を直すため、エドとアルはアームストロングと共にリゼンブールへ向かう。

マルコーの資料が手に入らず落ち込むエドたちに、シェスカは思わぬ奇策を提案する。

元第5研究所へ忍び込んだエドは、鎧に身を包んだ男・ナンバー48に襲われてしまう。

アルが抱いた疑惑は徐々に波紋を広げ、固く結ばれた兄弟の絆を綻ばせていくのだった。

第5研究所での出来事を話すエドたちの前に、大総統キング・ブラッドレイが現われる。

ウィンリィたっての希望で、エドたちは機械鎧技師の聖地・ラッシュバレーを訪れる。

母の死後、錬金術の腕を磨くためイズミに弟子入り志願したエドとアルだったが…。

記憶を取り戻すためイズミの元に滞留するアルに、怪しげな一派が接触を図ってきた。

グリード一派との戦いにブラッドレイ率いる国軍が突入し、圧倒的な猛攻で攻め立てる。

セントラルへ向かうスカーとヨキの前に、「錬丹術」を使う謎の少女・メイが現れる。

セントラルへやってきたエドたちは、軍部で再会したロスから衝撃の事実を告げられる。

ロスがいる留置所を襲撃したバリーは、居合わせたリンと共にロスを連れて逃亡する。

フーの案内で遺跡の奥深くに向かったエドたちは、そこで思いがけない人物と遭遇する。

第3研究所の地下に潜入したロイたちは、そこで彼らを始末しにきたラストと遭遇する。

人体錬成によって作られた母の遺体を掘り起こすため、エドは自宅跡を訪れるのだった。

エドたちがホムンクルスの秘密を探っていたその時、スカーがセントラルに現われて…！

エドたちがスカーと戦っている事を知り、ウィンリィは急いで現場へ向かうのだが…。

ランファンを抱えながらも、リンはブラッドレイと熾烈な戦いを繰り広げるのだが…。

すべてを“飲み込む”グラトニーを止めようとするも、エドたちには成す術がなく…。

グラトニーに飲み込まれたエドとリンは、脱出の手がかりをつかめず途方にくれる。

真の姿を現したエンヴィーに倒されたエドは、そのままエンヴィーに飲み込まれてゆく。

どこかの村の祭り。それを見つめるホーエンハイムに若い女が酒を持ってやってくる。

エドたちの前に現われたお父様の素顔は、兄弟の父・ホーエンハイムにそっくりだった。

エドは、お父様の計画に加担しないよう国家錬金術師の資格を返上すると申し出る…。

借りた銃を返しにきたエドは、敵に対し銃が撃てなかった事実をホークアイに告げる。

錬丹術に光明を見出したエドとアルは、錬丹術を知ろうとメイの行方を探すのだが…。

ロイは、グラマンにこれまでの顛末をすべて話し、グラマンの協力を得ようとする。

兄を殺した張本人・キンブリーを目の前にして、スカーの怒りはすぐさま頂点に達し…。