ノヴァ化したキャシーが聖母マリアの聖骸を安置する部屋に辿り着くが、そこにはサテラたちの姿が。

カズヤが自分に姉の面影を重ねていたと知ったサテラは、独りで戦うと言い出すのだった――！

とある少女の転校風景。おどおどしている少女を助けてくれたのは、保健委員を名乗る少女だった。

打ち止めが捕えられたことを突き止めた一方通行は、学園都市を敵に回す覚悟をする。

カズヤは、イーストゼネティックスで姉の英痕を持つキャシーと出会う。

泣き崩れるまどかに、ほむらは冷淡な口調でソウルジェムの最後の秘密を語る。

『警備員』や『猟犬部隊』を無力化した魔術師ヴェントの容赦ない攻撃が、上条を襲う。

年に一度のプロムの開催が控え、カズヤと踊る約束を取り付け喜ぶサテラだったが…。

きれいごとばかりに感じるまどかの言葉に、さやかは感情を爆発させ、その場を立ち去ってしまう。

薬局に行き、打ち止めと分かれた一方通行を、黒づくめの集団『猟犬部隊』が襲いかかる。

3年生に騙されサテライザーに勝負を挑んだラナだが、カズヤの登場で誤解は解かれ…。

さやかの元に現れた杏子は、自身が魔法少女となった理由を語る。果たして杏子の真意とは…。

イタリア旅行から帰国し、平和な日常を過ごす上条のもとに、美琴からある連絡が届く…。

行方不明となった打ち止めを探すべく、一方通行（アクセラレータ）が行動を開始する。

カズヤを助けたラナは、彼の優しさと能力に惹かれ、カズヤに猛烈なアタックをかけ始める。

杏子との平和的な解決を提案するまどかと、闘う覚悟を決めたさやか。二人の意見は擦れ違ってしまう。

巨大な氷の帆船に乗り込むことになった上条たちは、そこで意外な人物と顔を合わせる。

天草式に救出された上条たちは、彼らの手を借りてアニェーゼ救出に向かう。

カズヤは“初部屋入り”のために女子寮に向かう途中、ラナ＝リンチェンと出会うのだが…。

まどかは、さやかよりも先に魔法少女になる決意をするも、諦めてしまった自分に悩むのだった。

ミヤビとの戦いに勝利してしまったサテライザーは、3年生全体を敵に回してしまう…。

普通の中学2年生・鹿目まどかに、運命を変えてしまうような不思議な出会いが訪れる。

魔法少女の敗北の結果を目の当たりにしたまどかとさやかは、魔法少女になることを諦める。

サテライザーの優しさに触れたカズヤは、自分をリミッターにしてくれと彼女に申し込む。

さやかとまどかは、恭介が入院する病院の駐輪場で孵化しかけたグリーフシードを発見する。

不幸の代名詞であるはずの上条は、1等賞の北イタリア5泊7日のペア旅行に当選してしまう！

周囲が制止するなか、カズヤは“接触禁止の女王”のサテライザーの手を握ってしまう…。