問題児ばかりを集めた学生寮「さくら荘」。そんななか、神田空太は「脱、さくら荘！」を掲げていた。

さくら荘会議の結果、空太は抵抗も空しく、椎名ましろの世話係「ましろ当番」に任命されてしまう。

ある日曜日、美咲が空太の部屋のドアを蹴破り、ましろと仁がデートでラブホに行くのだと騒ぎたてる。

さくら荘の中庭で七夕をすることに。それぞれの思いを短冊に書く一同。しかし、ましろは…。

生活費を稼ぐためにバイトを頑張る七海に、空太は家賃が格安なさくら荘に引っ越すことを提案するが…。

七海は、ましろの世話・バイト・さくら荘の食事当番・養成所の中間発表会の練習をこなし続けるが…。

お兄ちゃん大好きな空太の妹・優子は、たまたま裸のましろに押し倒された空太を目撃してしまい…。

ある日、空太に2通の手紙が送られて来る。1通は『「ゲーム作ろうぜ」選考委員』から。もう1通は…。

朝、ましろと美咲が部屋の壁一面に絵を描いていた。設定について語る美咲と絵を描き続けるましろ…。

文化祭の出し物として『にゃぼろん』の制作を開始したさくら荘の面々。ディレクターとなった空太だが…。

文化祭より龍之介に興味のあるリタは、メイドちゃんの罵声のなか、上目づかいで龍之介ににじり寄る!!

『銀河猫にゃぼろん』上演の日を迎えた。シアターホール前で上演を待つ人の多さに尻込みする空太。

昼休みに空太たちが屋上で弁当を食べていると、美咲が仁への手作り弁当を持って現れる。

空太とクリスマスイヴの夜に芝居を見に行く事を友人にデートと指摘され、途端に緊張してしまう七海。

実家に帰れない七海、帰りたくない美咲、帰る気のないましろを連れて、空太は福岡の実家に行く事に。

とうとう空太はプレゼンの当日を迎える。前回失敗した時のような思いをしたくないと意気込む空太。

バレンタインデーで、七海のオーディションの日でもある朝、緊張する七海を見送った空太は…。

空太たちは仁が受験の報告で学校に来ていることを知り、美咲と引き合わせるためそれぞれのもとに走る！

さくら荘が今年度限りで取り壊されることが決まったことを、千尋の口から聞かせられた空太たち。

さくら荘の取り壊しに反対するため、全校生徒の3分の2の賛同を集めるべく署名活動を開始した空太たち。

署名活動の期日を迎え、テスト中も署名の集計をしてしまう空太だったが、ふと七海に目を向けると…。

空太はましろを起こそうと部屋に行くが姿が無い。すると千尋がさくら荘から出って行ったと伝える。

卒業式。送辞も終わり卒業生代表の答辞が始まる。しかし壇上に現れたのは元生徒会長の館林ではなく…。

美咲の車でさくら荘をあとにする一同。見送った空太とましろは、さくら荘へと帰る。そして…。