黒神めだか（改）の前に立ちはだかる善吉。戦いのなか、めだかは完全となるべく自身の過去を振り返る。

めいは大和からもらったペアリングに微笑み、ついに彼を「大和」と名前で呼べるようにもなった。

行橋未造の催眠ガスで、倒れていく生徒会の面々のなかで、一人立ち上がったのは喜界島もがなだった。

愛子に忠告され、めいが苦しんでいることを知った大和は、誤解を解くために走る。その頃…。

“フラスコ計画”の続行を宣言した黒神くじらは、そこに現れためだかと六年ぶりの再会を果たす。

めぐみと恋人同士のような大和を遠い存在に感じながらも、バイトを続けるよう勧めてしまう、めい。

舞台を地下四階に移しながら繰り広げられる戦いの最中、阿久根は古賀の不意打ちを受けてしまう。

めいのつれない態度が少し寂しい大和。しかし、めいは大和を思い、凪にクッキーの作り方を習っていた。

一人捜索を進める阿久根の背後に、元クラスメイトの名瀬夭歌とその親友の古賀いたみが迫る。

大和はめいに、猫を連れて家に来るように誘う。めいは初めての男の子の部屋にドキドキ！

迷宮に続く実験施設で待ち構える、新たな“十三組の十三人”の一人、宗像形。物腰こそ穏やかだが…。

めいが大和と付き合っていることが噂になるなか、ふたりはお揃いのブレスレットに幸せを感じていた。

生徒会メンバーたちの前に現れた男は“フラスコ計画”の研究成果をまとめたUSBメモリを見せつける。

初めてのデート。繋いでくる大和の手にドキドキしながらも、めいは初めての温かい感情を知る。

目安箱から溢れる投書の数々、全て十三組がらみの内容であった。大きく動き始める“フラスコ計画”。

大和を意識しはじめる、めい。大和につられ、同級生の及川あさみもめいに声を掛けてくれるように。

都城王土より投書を渡されためだかは、その誘いを受けるべく、自身のバージョンアップを決意する。

目安箱を通じて、箱庭学園理事長の不知火袴より依頼されたプロジェクト“フラスコ計画”とは？

時間退行を引き起こした＜二番目＞からの忠告を破り、太一は自分が知る事実をみんなに伝える。

彼氏どころか、友だちもいない歴16年の橘めいは、同級生にからかわれる日々を過ごしていた。