ある日、右京は、捜査二課時代の上司で現在は金融コンサルタントをしている片野坂と再会する。

法務省のエリート官僚・藤井の遺体が発見された。死因はコーヒーに混ぜられた青酸化合物。

倉庫ビルの敷地で、転落死したと見られる男性の遺体が発見された。死亡していたのは、山本という気鋭のジャンクアーティストで、腹部には刺された傷が残っていた。

花の里の女将・幸子が、不審者として身柄を拘束されたという連絡を受け、右京と亘は身元引受人として所轄署に出向く。

人気漫画家・箱崎咲良のマネジメントを担当する会社の社長・原田が、刺殺される事件が発生。

組対五課の応援に駆り出された右京と、見学ということで同行した亘は、現場の廃工場で、小さな子供が描いたと思われる母親の似顔絵を見つける。

官房長官・音越栄徳と官房副長官になった片山雛子による新会派結成と総裁選出馬宣言の記者会見場で、爆破事件が発生。

富士の裾野で映画の撮影が行われている最中、主演女優・桜庭かなえの姉でマネージャーをしている恵子の遺体が、別荘で発見された。

監察官の大河内から聴取を受ける右京と亘。捜査一課の経理担当で、特命係に在籍したこともある陣川が、また何らかの事件に巻き込まれたらしい。

1か月前、伊丹が自殺として処理した女性の転落死が、『実は殺人だった』と告白する犯人の手記が新聞にスクープされた。

都内の駐車場で、蘭の栽培を手掛ける会社の経営者・式田芳彦が、遺体で発見された。

マンションの一室で女子大生・色川真子が絞殺される事件が発生。真子は、広域暴力団の組長・伊縫が愛人に産ませた娘で、伊縫は組対五課の角田から情報を引き出そうとするなど、不穏な動きを見せる。

ある夜、道でうずくまる外国人男性を見つけた右京は、彼に請われるまま、小さな個人病院へと担ぎ込む。

右京と亘は、遺留品の返却で帝都大学を訪れる。次世代機器として注目を集めている量子コンピューターの核となる実験に成功した成田知子という物理学者の遺留品だった。

数千万円の宝石を盗み、警察官の拳銃を強奪して逃げている指名手配犯が、3年ぶりに姿を現した。都内の質屋に宝石の換金で現れ、通報されると拳銃を発砲して夕霧岳という山に逃げ込んだという。

逃亡中だった宝石強盗犯・斗ヶ沢の遺体がキャンプ場で発見され、捜査は殺人事件に切り替えられる。また、“神隠しの山”で失踪中の右京の捜索も続けられていた。

警察嫌いの目撃者が捜査を混乱させた先日の事件で（第15話「警察嫌い」）、亘が裁判所の令状執行を阻止する“捜査妨害”を行っていたことが上層部の耳に入り、右京は亘と共に責任を問われる。

人を呪い殺したという女性が、自分を罰してほしいと捜査一課を訪ねてきた。しかし、伊丹たちは取り合わず、女性をそのまま追い返してしまう。

ある日右京は、幸子の紹介で、羽賀という男から人捜しを頼まれる。対象は、シガーバーで偶然出会い、特徴的な香りを放つ自家製シガーを吸っていた“工藤春馬”という男。

ある日、谷中という保険会社の落ちこぼれ営業マンが、医師から余命いくばくもないと告げられる。谷中は突然の宣告に戸惑いながらも、孤独な身の上をかんがみて、「今までしたくても出来なかったことをやろう」と思い立つ。

詐欺師の平井は、地域住民の悩み相談に乗る“青空らくだの会”という団体を装い、美人局で金をせしめていた。その日も、会社員風の男をまんまと陥れ、金を下ろさせるために一緒にコンビニのATMへ。

ある休日、右京が亘（反町隆史）と訪れていた絵画のオークション会場でちょっとした騒ぎが起こる。出品されていた三上史郎という画家の絵画に、三上自身が「こんな駄作に価値はない」とオークションを拒否する騒動を起こしたのだ。

証拠品の返却で所轄署を訪れた亘は、アパートの隣室で殺人事件が起きたかも知れないと訴える女流漫画家の夏音と知り合う。

世田谷西署の管轄内で誘拐事件が発生。行方が分からなくなっていた小学生の男の子2人の内の一人、翔太が遺体で発見された。

2か月前、外務省欧州第一局長の棚橋が、都内の公園で刺殺される事件が発生。事件の背景に国際問題が絡んでいる可能性があることから、警察は慎重に捜査を開始していた。

産廃場で光田という男性の撲殺死体が発見された。光田は組対五課長・角田の中学時代の同級生で、20年前に家族のもとから姿を消して以来、ずっと消息が分からなかったらしい。

右京と亘に、郊外のベッドタウン黒水（くろうず）町の駐在所への臨時異動辞令が下った。黒水は問題がある警察官の左遷先と噂される署だった。

都内の裏通りで会社員の男性が刺殺される事件が発生。犯人の遺留品はなく、捜査が難航する中、有力な目撃者が現れる。しかし、その人物が警察上層部の家族で、中学生の少女ということが分かり、捜査本部にも接触禁止が厳命される。

郊外の廃倉庫で白骨化した遺体が発見され、捜査一課に捜査要請が入るが、骨だけでは調べようがないため、特命係が捜査を押しつけられる。骨の発見現場にやってきた右京と亘は、廃品に紛れた遺留品から米の入った袋と紙片を発見。

時は、今から1年ほど前にさかのぼる…。2016年2月。住宅街の一角で、若い男が頭から血を流して倒れているのが発見される。目撃者の情報から、現場から逃げた車の持ち主が司法浪人の真渕と判明。