IT企業のシステム担当役員・芦田真司（濱津隆之）の遺体が、東京・芝浦の運河で見つかった。事故なのか事件なのか――捜査の開始を告げる捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）に、芝浦署で刑事課に配属になったばかりの勝又克樹（鈴木仁）が捜査本部入りを直訴してきた。しかし、聞き込みに出た勝又が目撃情報として持ち帰って来たのは、「犯人を見た」という双子の幼稚園児が描いた2枚の絵。

“矢印だらけの遺体”が見つかったという知らせが入り、警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）はすぐさま急行。臨場したところ、『インターネットカフェ　5階→』と矢印が描かれた看板の上にベテラン看板職人・丹下弥一（佃典彦）が倒れていた。

警察官のコスプレを身にまとった女性の遺体が見つかり、警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は臨場する。被害者の身元は、大手食品輸入会社の社員・橋本優里（川添野愛）と判明。事件当日、現場近くでコスプレイベントが開催されており、被害者も参加していたものと思われた。捜査のため現場を後にした小山田大介管理官（金田明夫）は突然、見知らぬ女性に使い捨てカイロやのど飴を差し出されてビックリする。

ワサビ入りのシュークリームを握った遺体が見つかった。深夜、知らせを受けた警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は現場に駆けつける。被害者は、めったに褒めないことで有名な超辛口のスイーツ評論家・渡会健斗（柏原収史）で、自宅マンションの駐車場で何者かに胸部を刺されて死亡していた。

警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）のもとに「着物でぐるぐる巻きにされた男性の遺体が見つかった」という知らせが入る。犯人は被害者を絞殺した後、なぜか色留袖の反物を遺体に巻きつけていた。橙色のその反物には美しい女性の絵が描かれており、なぜか布地の一部が細長く切り取られていた。

廃校となった学校の一角で学ランを羽織った中年男性の遺体が見つかり、警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は臨場する。遺体の後頭部には打撲痕が複数あり、何者かに頭を壁に何度も打ちつけられたのではないかと考えられた。現場資料班・平井真琴（斉藤由貴）は、制服から第二ボタンがなくなっていることに気づく。

都内の川の近くで、宝石貴金属販売会社の社長・大友直登（渋江譲二）の遺体が見つかった。臨場した警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は、遺体の状況に驚愕する。死因は何者かに後頭部を殴打されたことによる脳挫傷だったが、被害者は犯人に襲われてから20メートルほど自力で歩いた末に絶命していたのだ。傷の状態から考えると、その距離を歩いたことは驚きでしかなかった。

警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）のもとに、“クイズを出題する遺体”が発見されたという知らせが入った。臨場したところ、商社員の海野春人（森田甘路）が自宅マンションの敷地内で刺殺されており、遺体の手には新聞の切り抜き文字で『Q　私　電話光』と記された謎のカードが握られていた。

アパレルメーカー社長・錦野勝（寺門ジモン）が、オフィスビルの下で刺殺されているのが見つかった。警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）が臨場したところ、遺体は茶封筒を腕に抱えており、その封筒の中には“光をまとうドレス”と名付けられた、見るからに斬新なドレスのデザイン画が入っていた。

カリスマ食品サンプルデザイナー・神下茂（林泰文）の刺殺体が、彼のアトリエで見つかった。神下はひと口食べただけでどんな料理でもサンプルとして再現することができる神業の持ち主で、ナポリタンスパゲティーの食品サンプルを手にしたまま息絶えていた。

中華料理店の裏の空き地で、店の主人・堤太蔵が刺殺されているのが見つかり、警視庁捜査一課長・大岩純一は現場に駆けつけた。

警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）のもとに、「近づくとくしゃみの出る遺体が見つかった」という奇妙な知らせが入った。

連続放火殺人事件の容疑者・安西健一が任意の取り調べを終えて帰宅する途中、待ち伏せしていた男に刺殺された。

桜町中央署刑事課のエース・蓮見光輔（濱田岳）は、不審な男が職務質問を振り切って逃走したという一報を聞き、現場に駆けつける。人質を取ってたてこもった男を冷静に諭し、投降させるまであと一息…というところで、突然、ダブルのスーツにサングラスという任侠ファッションの男が乱入！

河川敷で若い女性の遺体が見つかったという知らせが入り、桜町中央署刑事課の面々、架川英児（西島秀俊）、蓮見光輔（濱田岳）、水木直央（上白石萌歌）は臨場する。ド派手なファッションの遺体を見た直央は思わず「なんか“パリピ”って感じ…」と感想をもらす。

桜町中央署の新人刑事・水木直央（上白石萌歌）は帰宅途中、フラフラと街中をさまよい歩く幼い女の子を見かけて保護する。その女児・多村凛（いろは）は母の加奈子（寒川綾奈）と2人暮らしだというが、夜遅くなっても母親が帰ってこないため、行方を捜していたと話す。

警視庁生活安全部の参事官・黒石元警視正（井上肇）が自宅アパートで自殺した。黒石は組織犯罪対策部の部長候補と目されていたが、数カ月前、若い女性との不倫が週刊誌に報じられて依願退職したばかりだった。知らせを聞いた桜町中央署刑事・架川英児（西島秀俊）は、がく然！　黒石は架川にとって何かと目にかけてくれた“恩人”だったのだ。まもなく、黒石が死の直前、架川に手紙を遺していたことが判明。

出頭して自らの罪を洗いざらい告白する…。そう約束した“マル暴”時代の元上司・藤原要（柳葉敏郎）が何者かに射殺され、桜町中央署刑事・架川英児（西島秀俊）はショックを隠せない。藤原を殺した男が、蓮見光輔（濱田岳）の父・梶間優人（神尾佑）の冤罪事件にからんでいることを直感した架川は、光輔から10年前の事件の全貌を聞きだす。

10年前、蓮見光輔（濱田岳）の父・梶間優人（神尾佑）が冤罪に巻き込まれたホステス殺人事件の手がかりを求め、架川英児（西島秀俊）は単身、長野県春蘭市に乗り込んだ。その直後、桜町中央署管内では、看護師・今野静香（高橋美津子）が何者かに駅の階段から突き落とされる事件が発生。静香は幸い一命をとりとめたものの、意識不明の状態だった。

10年前のホステス殺人の手がかりを得るため長野県春蘭市に乗り込み、何者かに拉致された架川英児（西島秀俊）。その男が、“マル暴”時代の上司・藤原要（柳葉敏郎）を殺した張本人だと直感した架川は、自由を奪われながらも必死に抵抗。ついに拳銃を向けられ、絶体絶命の危機に！　そのとき、現れたのは…!?

それぞれの道筋で、10年前のホステス殺人事件の真相を追い続けてきた架川英児（西島秀俊）、蓮見光輔（濱田岳）、水木直央（上白石萌歌）。架川と光輔は、数日前に死体で見つかった元長野県警会計課長・折原大吾（亀吉）に焦点を当てる。折原は、10年前の被害者・歌川チカ（水崎綾女）と光輔の父・梶間優人（神尾佑）が愛人関係にあると偽証した人物だが、3年前に長野県警を退職。

殺人未遂容疑で指名手配されてしまった、桜町中央署刑事・架川英児（西島秀俊）――。蓮見光輔（濱田岳）たちも架川の行方を追うよう命じられるが、その直後、なじみの居酒屋“龍宮城”に身を潜めていた架川の前に、追手が現れて…。その頃、父・有働弘樹（片岡愛之助）への思いから光輔の協力要請を断った水木直央（上白石萌歌）は、自分の判断は正しかったのか揺れ動き続けていた。

ジャーナリストの桜井瞬一が殺された。現場には十字架のような破片が…。捜査一課・強行犯係の樋口顕（内藤剛志）は二課の氏家譲（佐野史郎）から桜井が収賄疑惑の議員・木崎（大浦龍宇一）の裏帳簿データを持っていたと聞かされる。しかし桜井が残したUSBメモリーには20年前の強盗殺人事件の記事が…。

空き家から女性の絞殺体が見つかる。樋口顕（内藤剛志）が臨場するが、所持品がなく身元を特定できずにいた。鑑識の辰見友恵（遼河はるひ）は衣類からクリーニング店を特定し、NPO法人空き店舗再活用プロジェクトの林康菜（小林涼子）と判明。生駒花蓮（篠田麻里子）は有名DIYクリエイターで康菜と共同で「DIY工房」を立ち上げていた。花蓮が犯人だと示す証拠品が見つかるが、樋口は証拠が揃い過ぎていることに違和感を抱き…！

情報番組のAD坂下龍之介（加藤諒）が工場跡地の冷凍庫から白河篤（横山諒）の遺体を発見し、映像をSNSにアップして話題に。保育士の藤沢芽衣（島崎遥香）は、優子（小島梨里杏）の息子が白河からDVを受けていたことを心配していた。その矢先、白河殺害の容疑者は優子だという映像がSNSで拡散される。ネットに流したのは坂下で、彼はかつて氏家（佐野史郎）が補導した少年だった!?樋口（内藤剛志）は氏家と捜査を進めると…。

工務店の社員・横田慶介（入江甚儀）の遺体が見つかる。臨場した樋口（内藤剛志）が気になったのは、遺留品の３枚の５００円玉と、横田のポケットにあった商店街のスタンプカード。日暮里は職場の八王子からも彼の自宅からも離れた位置にあるのに、スタンプはかなりたまっている。会社では、人当たりの良いとても優秀な営業マンと言われていた横田だが上司の塔場和彦（正名僕蔵）や同僚の坪井奈々（森迫永依）に聞きこみを続けると、私生活では５年前に人身事故を起こしていた。

コーラス会場で身元不明の遺体が…。発見者は、発表会を翌日に控え、リハーサルを終えた佳純（あめくみちこ）。被害者はコーラス団員と同じ格好をしていたが、実は団員ではなかった。違和感を覚えた樋口（内藤剛志）は捜査を開始。監察医の御子柴（竹財輝之助）の機転から元海女の三島芳子（藤吉久美子）と判明。樋口は団員の波花（咲妃みゆ）が三島の娘であることを突き止める。三島は波花が6歳の時に浮気相手と姿を消し、波花 はそのことをずっと恨んでいたが、事件との関係は否認。

公園で老舗和菓子屋『ふなだや』の副社長・船田修二（長尾卓磨）の遺体が見つかる。彼の遺品の携帯には修二の父・喜一郎（勝部演之）と、妻・杏子（原史奈）から着信があり樋口顕（内藤剛志）は、喜一郎に電話を掛ける。事件当日、修二は亡き兄の元妻・久美子（山田真歩）に会いに行っていたことが判明。『ふなだや』の現社長でもある喜一郎は血筋を重視する人物で、亡き長男の娘をどうしても次期社長にしたく、久美子と養子問題で度々話し合いをしていた。

川岸で高校野球部員・井田友彦（菊池銀河）の遺体が発見される。強行犯係の新庄道彦（金田明夫）をはじめ千住北署はSNS上で遺書をみつけ、自殺と結論づける。樋口（内藤剛志）は、遺体の傷跡や関係者への聞き込みで、野球部内でのトラブルなどから他殺の可能性があると考え、再捜査を開始。しかし、所轄が一度出した結論に口を出すことは警察組織の秩序を乱すとされ、樋口は理事官の石田弘（徳重聡）から謹慎処分を言い渡されてしまう。“警察の秩序”と“真実の解明“…その狭間で葛藤し自分の心の弱さを痛感した樋口は自信を失いかける。

運送会社社長・仁和宏之（テット・ワダ）の刺殺体が見つかり、樋口顕（内藤剛志）が臨場する。宏之の妻の紗子（小野ゆり子）は夫からDVを受けたと訴え、離婚を前提に別居中だった。