私利私欲のために権力を求める“サッチョウ（＝警察庁）の悪魔”・千堂大善（椎名桔平）に、警視庁のトップである警視総監の座を渡すわけにはいかない――。悪魔に魂を売ってまでも…“本来あるべき警察の姿”を取り戻すため、副総監にまで上り詰めた千堂と戦う覚悟を決めた上條漣（玉木宏）。

警視総監の任命権を有する内閣府特命担当大臣との関係が悪化し、次期警視総監への道が危うくなった副総監・千堂大善（椎名桔平）。彼こそが大臣狙撃事件の黒幕だったことを、上條漣（玉木宏）ら「改革派」派閥が暴こうと蜂起するも、あまりにも手痛い返り討ちに遭った日の夜――千堂が元警察官・刈谷銀次郎（橋本じゅん）に刺された！

次期警視総監の座を狙う副総監・千堂大善（椎名桔平）を失脚させると誓って5年――。息をひそめ機会を狙い続けてきた上條漣（玉木宏）は、新派閥「改革派」を立ち上げ、千堂にふたたび宣戦布告。

京都府警捜査一課13係の刑事・時矢暦彦と佐相智佳は偶然、人気恋愛小説家・嵯峨思織のサイン会場を通りかかる。思織が大学時代の恋の相手だったことを思い出した、時矢。

「24時間、365日対応」の本庄病院に勤める内科医・栗原一止（福士蒼汰）は、不眠不休が続く過酷な毎日を送っている。そんな一止の支えは妻・ハル（清野菜名）と過ごす時間だった。ある日、一止は大学病院に誘われる。最先端医療への興味を抱きつつ、悩む一止の前に癌患者の安曇清子（風吹ジュン）が現れる。大学病院に見放され、一止を頼ってきたのだ。彼女と接する中で一止は「良い医師とは何か？」を見つめ直していく。

「患者を救うために、家族を犠牲にするのか？」栗原一止（福士蒼汰）の大学時代の同期・進藤辰也（中村蒼）が本庄病院に加わる。辰也との再会を喜ぶ一止だったが、患者や看護師と対立する姿に疑問を感じ、衝突してしまう。そんな折、恩師である古狐先生（イッセー尾形）が院内で倒れ、検査結果に一止や大狸先生（北大路欣也）は衝撃を受ける…。

栗原一止（福士蒼汰）に人生最大のピンチが！？本庄病院に新たな内科医として小幡奈美（水野美紀）が赴任する。大狸先生（北大路欣也）の教え子で知識も豊富、腕も優秀な医師だが、なぜか特定の患者だけ診ようとしない。その理由に愕然とする一止だったが、その真意を知り自分の医師としての姿に疑問を抱く。一方、救急搬送され入院することになった榊原信一（竹財輝之助）は、東西直美（大島優子）と意味深な視線を交わし…。

舞台は大学病院へ！いよいよ最終回！栗原一止（福士蒼汰）は最先端医療を学ぶべく大学病院での勤務を決意。第四内科第三班に所属し、“鬼切り”の異名をもつ班長・北条（市原隼人）や　“パン屋”と呼ばれる宇佐美（北村有起哉）などに囲まれ忙しい日々を送っていた。ある日、三班で小さな子どもをもつ29歳のがん患者・二木美桜（貫地谷しほり）を担当することに。しかし彼女は入院を拒否…その理由を知った一止が出した答えとは？

かつて代表にも選ばれた陸上の選手で刑事課に所属していた草壁栄次（戸塚純貴）は、事件で負った怪我が原因で戦力外通告を受け、部署を異動。やってきた先は、働き方改革が進められる中、万年人手不足の問題を抱える警察の各部署のサポートのために作られた、武蔵野中央署生活安全課総務2係、人呼んで「ひきこもり係」だった！