ごく普通の高校生・茉莉香のもとに、突然、宇宙海賊船・弁天丸の船長就任要請が届く。

うさんくさいそのスジの人たちで満席になった喫茶店ランプ館でついに銃撃戦が勃発する。

ヨット部の課外授業として、ヨット部の練習用帆船オデット二世を使った練習航海が決まった。

オデット二世で練習航海にでたヨット部一同。出発したばかりのオデット二世だが、異常事態が続く。

オデット二世は、砂赤星へと接近しつつあった。そこで茉莉香はフライトプランの変更を提案する。

海賊稼業を継ぐ決意をした茉莉香の初仕事に向けて、戦闘指揮、電子戦、格闘とさまざまな訓練が始まった。

海賊稼業で忙しい茉莉香の成績は降下する一方。遅刻や早退も増えて、ミーサとケインに呼び出される始末。

弁天丸で密航者が発見された。豪華客船シンフォニー・エンジェルを襲撃した時に入り込まれたのだ。

たう星系外縁ギリギリに正体不明の艦艇が姿を見せるため、護衛艦隊から調査を命じられた弁天丸。

黄金の幽霊船探索に出た弁天丸は、セレニティ調査団がばらまいた観測ブイのネットワークにコンタクトする。

茉莉香率いる弁天丸とセレニティ船籍の謎の艦隊。黄金の幽霊船を先に発見するのはどちらか。

ふたたび亜空間に姿を消した黄金の幽霊船だったが、弁天丸はその巨大な船の中にいた。

グリューエルはあるものを茉莉香に手渡す。それは父・ゴンザエモン加藤ゆかりのものだった。

弁天丸の乗組員が全員病院で隔離されてしまった…。このままでは私掠船免状が無効になってしまう。

ヨット部のメンバーが海賊業務を手伝ってくれることに。女子高生たちの海賊業務は成功するのか？

茉莉香から海賊業務の説明を受け、ヨット部メンバーは求められる技術の高さに、弱気になってしまう。

弁天丸に仕事を依頼してきたのは、意外にもヨット部部長のリンだった。その内容は…。

ジェニーの伯父のロバートは、戦艦ジャバウォッキーを含む護衛艦隊を動かし弁天丸を狙う。

ヨット部による海賊稼業も終わり、おだやかな日々が戻ってきたが、茉莉香は疲れが出てダラけ気味に。

ディンギー（ヨット）を使った宇宙レースに出場しよう、と盛り上がるヨット部の面々だったが…。