交通機関を巧みに使ったオリアナの逃亡に、土御門は再び探索の術式を発動する！

『使徒十字』で学園都市を支配する―その目的を果たすべく、オリアナは再び動き出す。

上条とステイルは、『速記原典』を駆使したオリアナの攻撃に苦戦を強いられる。

不幸の代名詞であるはずの上条は、1等賞の北イタリア5泊7日のペア旅行に当選してしまう！

巨大な氷の帆船に乗り込むことになった上条たちは、そこで意外な人物と顔を合わせる。

天草式に救出された上条たちは、彼らの手を借りてアニェーゼ救出に向かう。

イタリア旅行から帰国し、平和な日常を過ごす上条のもとに、美琴からある連絡が届く…。

行方不明となった打ち止めを探すべく、一方通行（アクセラレータ）が行動を開始する。

薬局に行き、打ち止めと分かれた一方通行を、黒づくめの集団『猟犬部隊』が襲いかかる。

『警備員』や『猟犬部隊』を無力化した魔術師ヴェントの容赦ない攻撃が、上条を襲う。

打ち止めが捕えられたことを突き止めた一方通行は、学園都市を敵に回す覚悟をする。

インデックスは、打ち止めも、風斬も、そして学園都市をも救おうと、己の本分たる祈りを捧げる。

ヴェントの襲撃後、上条はクラスですき焼きパーティが開催されたりと、平和を謳歌していたが…。

科学サイドへのデモや抗議活動など、緊迫する世界情勢のなか、ひとつの『脅威』が、学園都市を襲う。

平和で平凡な学園都市的日常生活を送っていた美琴に、突然の学園都市の“闇”が迫る…。

噂に目のない佐天に連れられ、終日マネーカード探しに付き合うことになった美琴は…。

不思議な少女・布束によって呼び起された記憶により、美琴の心は冷やされていく…。

夏休みの一日を楽しく過ごす美琴たち。しかし、その裏側では、とある実験が静かに進行していた…。

自分とうり二つの姿をした少女・ミサカに、美琴はすっかりペースを握られてしまう…。

実験場にたどり着いた美琴を待ち構える無残な光景。それは、ミサカが惨殺される現場だった…。

布束との再会を機に、美琴は計画に携わっている研究機関に対して、ただひとり戦いを挑む。

「電気を操る能力者の排除にあたるべし」との依頼を受け、とある暗部組織が動き出す…。

美琴は、暗部組織『アイテム』のひとり、フレンダによって張り巡らされた罠を突破するが…。

絶体絶命のピンチをくぐり抜け施設の破壊に成功した美琴だが、麦野の執拗な追撃は続き…。

孤独な戦いを終え、ついに日常へと戻った美琴の前に、ツンツン髪の少年・上条当麻が現れる。

自分の全てをかけてでも、『絶対能力進化計画』を終わらせなくてはならないと決意した美琴は…。

忌まわしき計画を阻止しようと施設に赴いた美琴は、そこで衝撃の事実を知ってしまう…。

美琴不在に不安を募らせる黒子のもとに、お姉様にちょっかいをかけていた上条が現れて…。

立ち向かってくる『最弱』上条当麻に対して、『最強』一方通行の容赦のない攻撃をが叩き込まれ…。