打ち止めが捕えられたことを突き止めた一方通行は、学園都市を敵に回す覚悟をする。

インデックスは、打ち止めも、風斬も、そして学園都市をも救おうと、己の本分たる祈りを捧げる。

ヴェントの襲撃後、上条はクラスですき焼きパーティが開催されたりと、平和を謳歌していたが…。

科学サイドへのデモや抗議活動など、緊迫する世界情勢のなか、ひとつの『脅威』が、学園都市を襲う。

平和で平凡な学園都市的日常生活を送っていた美琴に、突然の学園都市の“闇”が迫る…。

噂に目のない佐天に連れられ、終日マネーカード探しに付き合うことになった美琴は…。

不思議な少女・布束によって呼び起された記憶により、美琴の心は冷やされていく…。

夏休みの一日を楽しく過ごす美琴たち。しかし、その裏側では、とある実験が静かに進行していた…。

自分とうり二つの姿をした少女・ミサカに、美琴はすっかりペースを握られてしまう…。

実験場にたどり着いた美琴を待ち構える無残な光景。それは、ミサカが惨殺される現場だった…。

布束との再会を機に、美琴は計画に携わっている研究機関に対して、ただひとり戦いを挑む。

「電気を操る能力者の排除にあたるべし」との依頼を受け、とある暗部組織が動き出す…。

美琴は、暗部組織『アイテム』のひとり、フレンダによって張り巡らされた罠を突破するが…。

絶体絶命のピンチをくぐり抜け施設の破壊に成功した美琴だが、麦野の執拗な追撃は続き…。

孤独な戦いを終え、ついに日常へと戻った美琴の前に、ツンツン髪の少年・上条当麻が現れる。

自分の全てをかけてでも、『絶対能力進化計画』を終わらせなくてはならないと決意した美琴は…。

忌まわしき計画を阻止しようと施設に赴いた美琴は、そこで衝撃の事実を知ってしまう…。

美琴不在に不安を募らせる黒子のもとに、お姉様にちょっかいをかけていた上条が現れて…。

立ち向かってくる『最弱』上条当麻に対して、『最強』一方通行の容赦のない攻撃をが叩き込まれ…。

さらなる絶対的な力を振るおうとする一方通行。美琴は、それを阻止しようとするのだが…。

佐天の部屋で行われる勉強会（実は鍋パーティ）に参加するため、美琴と黒子は時間外外出許可を取る。

独り暮らしをしたことが無い枝先を案じる春上は、ふたりで同居することを決める。

すっかり佐天に懐いてしまったフェブリを、佐天と初春が協力して預かることになり…。

フェブリと仲良くなった美琴は、風紀委員の面々と合流して、銭湯にて裸のお付き合いを敢行する！

学園都市の深い闇。その存在を知らされてなお、佐天たちはフェブリを救うための方策を考え始め…。

フェブリを救う手がかりを得るべく、美琴は収監されているテレスティーナの元に向かう。

罠にはめられた美琴と布束に向けて、有冨の口から『ケミカロイド計画』の全貌が語られる。

有冨たち『スタディ』による『革命』――。二万体もの駆動鎧を使ったテロが始動する。