魔法少女となる者の運命を全て知ったまどかは、果たして何を願い、どんな決断を下すのか？

北海道の田舎にある白玉中学のソフトテニス部の面々は、全国大会目指して日々練習に励んでいるが…。

キャシーの放つビームに、死を覚悟したサテラを救ったのは、自らを盾にしたガネッサだった。

不良にからまれている桂馬助けた凛々しい少女・春日楠は、“軟弱”な桂馬もお気に召さない模様…。

科学サイドへのデモや抗議活動など、緊迫する世界情勢のなか、ひとつの『脅威』が、学園都市を襲う。

インデックスは、打ち止めも、風斬も、そして学園都市をも救おうと、己の本分たる祈りを捧げる。

ヴェントの襲撃後、上条はクラスですき焼きパーティが開催されたりと、平和を謳歌していたが…。

ノヴァ化したキャシーが聖母マリアの聖骸を安置する部屋に辿り着くが、そこにはサテラたちの姿が。

カズヤが自分に姉の面影を重ねていたと知ったサテラは、独りで戦うと言い出すのだった――！

とある少女の転校風景。おどおどしている少女を助けてくれたのは、保健委員を名乗る少女だった。

打ち止めが捕えられたことを突き止めた一方通行は、学園都市を敵に回す覚悟をする。

カズヤは、イーストゼネティックスで姉の英痕を持つキャシーと出会う。

泣き崩れるまどかに、ほむらは冷淡な口調でソウルジェムの最後の秘密を語る。

『警備員』や『猟犬部隊』を無力化した魔術師ヴェントの容赦ない攻撃が、上条を襲う。

年に一度のプロムの開催が控え、カズヤと踊る約束を取り付け喜ぶサテラだったが…。

きれいごとばかりに感じるまどかの言葉に、さやかは感情を爆発させ、その場を立ち去ってしまう。

薬局に行き、打ち止めと分かれた一方通行を、黒づくめの集団『猟犬部隊』が襲いかかる。

3年生に騙されサテライザーに勝負を挑んだラナだが、カズヤの登場で誤解は解かれ…。

さやかの元に現れた杏子は、自身が魔法少女となった理由を語る。果たして杏子の真意とは…。

イタリア旅行から帰国し、平和な日常を過ごす上条のもとに、美琴からある連絡が届く…。

行方不明となった打ち止めを探すべく、一方通行（アクセラレータ）が行動を開始する。

カズヤを助けたラナは、彼の優しさと能力に惹かれ、カズヤに猛烈なアタックをかけ始める。

杏子との平和的な解決を提案するまどかと、闘う覚悟を決めたさやか。二人の意見は擦れ違ってしまう。

巨大な氷の帆船に乗り込むことになった上条たちは、そこで意外な人物と顔を合わせる。

天草式に救出された上条たちは、彼らの手を借りてアニェーゼ救出に向かう。

カズヤは“初部屋入り”のために女子寮に向かう途中、ラナ＝リンチェンと出会うのだが…。

まどかは、さやかよりも先に魔法少女になる決意をするも、諦めてしまった自分に悩むのだった。

ミヤビとの戦いに勝利してしまったサテライザーは、3年生全体を敵に回してしまう…。