ミコノの涙に呼応するように神殿が崩れる。ついに伝説の「神話型アクエリオン」がその姿を現す――。

MIX奪還ミッション失敗で、ネオディーヴァに暗い影が落ちたままの夜、アマタは不可思議な夢をみる。

MIX救出のためアルテアに潜入を果たしたアマタは、アルテアにかけられた“イヴの呪い”の真相を知る。

アルテアに連れ去られたMIX。救出に行こうにも既に次元ゲートは閉ざされ、開け方がわからない

アルテアでは戦闘に伴う次元ゲートの乱用により、アイアンシーの稼働率が低下の一途を辿っていた。

ゼシカの告白により、アマタ、ミコノ、ゼシカの3人の関係が気まずい状況になってしまう。

ミコノ・アマタ・ゼシカたちの複雑な想いが交錯するなか、不動が新たな訓練を提案する。それは…。

ミコノを奪おうと突如現れたカグラと、それを阻止しようとするアマタたちエレメント候補生が激突する。

学園にシュレードの弾く葬送曲が重く低く響き渡る。ジンの死は大いなる悲しみをもたらしていた。

上映会イベントに突如として現れ荒れ狂うミスラ・グニス。パニック状態に陥る聖天使学園だったが…。