皇后が謎の太監に脅された事件は宮廷中の噂となり、皇帝・ほう通（ほうつう）も皇姉・ほう貞（ほうてい）もその太監を捕らえようと動き出す。そんな中、もう1人の太監は偽者で葉凝芝（ようぎょうし）が扮していると見抜いた魏広（ぎこう）は、彼女を倉庫まで追いかけ、彼女の口から真実と彼への本当の気持ちを聞き出す。だが、その時、ほう通とほう貞の兵士たちが倉庫を包囲して…。

皇姉・ほう貞（ほうてい）の謀反を恐れる皇帝・ほう通（ほうつう）は心身が弱り持病の寒症が再発。そんな中、葉凝芝（ようぎょうし）は子供たちの争いに胸を痛める皇太后に代わり謀反を止めるべく動き出す。そして、ほう貞に近づいて信用を得た彼女は3ヶ月後に決起するという謀反の協力者の名前を密かに自分の外套の裏に書きつける。すると、そんな彼女の前に朗坤（ろうこん）が現れ…。

葉凝芝（ようぎょうし）は皇帝・ほう通（ほうつう）に皇姉・ほう貞（ほうてい）の元で情報を探っていることを報告。その頃、新たにほう貞の協力者として現れた厳寛（げんかん）の弟・厳正（げんせい）は葉凝芝、魏広（ぎこう）、朗坤（ろうこん）が間者ではないかと疑いの目を向ける。また、謎の太監について調べていた皇后は自ら朗坤の故郷を訪問し、彼が山の上に建てた隠れ家を見つける。そこで全てを悟った皇后は…。

皇后の前でついに自分が医者の火様紅（かようこう）だと認めた朗坤（ろうこん）。かつて、皇后を病から救った彼は、皇后の政敵に命を狙われ、生き延びるも容貌が変わり、別人になりすまして生きてきたのだった。一方その頃、葉凝芝（ようぎょうし）は皇姉・ほう貞（ほうてい）の協力者だった北応（ほくおう）王が火薬庫の地図を持っていたことを思い出す。だが、一足先に班鈴児（はんれいじ）に地図を横取りされ…。

皇姉・ほう貞（ほうてい）が謀反のために用意した秘密の火薬庫が大爆発し、宮中では厳寛（げんかん）の予言が再び当たったと大騒ぎに。そんな中、多くの民に被害が及んだことに胸を痛めた葉凝芝（ようぎょうし）は救助活動に勤しむ。また、班鈴児（はんれいじ）から地図を渡された皇帝・ほう通（ほうつう）が爆破指示を出したと知らない彼女は、魏広（ぎこう）が爆破を計画したのではないかと不安になるが…。

皇姉・ほう貞（ほうてい）が月下美人の開花を鑑賞する宴を開催。その間に葉凝芝（ようぎょうし）は密かにほう貞の部屋に忍びこみ反乱軍の配置図を捜すが、途中で衛兵に見つかってしまう。その時は魏広（ぎこう）が助けに入り事なきを得るが、衛兵の死体を残したため厳正に疑われることに。しかも、ほう貞が偶然、皇太后が寝言で朗坤（ろうこん）の名を口にするのを聞いてしまい…。

密偵ではないと証明するため朗坤（ろうこん）を弓で撃たなければならなくなった葉凝芝（ようぎょうし）。彼女が魏広（ぎこう）に促されて決死の思いで放った矢は外れ、朗坤は死を免れるが、3人への疑いはそれで晴れたわけではなかった。朗坤の正体が火様紅（かようこう）であると突き止めた厳正（げんせい）が密偵の証拠を手に入れようとしていたのだ。それを知って朗坤を守ろうとした皇后は…。

朗坤（ろうこん）が皇后のために作った秘密の隠れ家を厳正（げんせい）が見つけ、皇太后からの手紙を読んでしまい、絶体絶命となった朗坤、魏広（ぎこう）、葉凝芝（ようぎょうし）。3人は自分たちが密偵である決定的な証拠を厳正に押さえられ皇姉・ほう貞（ほうてい）に報告される前に、こちらから彼に罠を仕掛けようと動き出す。そして、皇后と皇太后の協力を得てある作戦を実行すると…。

処刑したはずの厳正（げんせい）の亡霊が現れ、怯える広定王は皇姉・ほう貞（ほうてい）と獄中の厳寛（げんかん）に会いに行く。そして、厳寛の予言を信じたほう貞と広定（こうてい）王は、厳寛を連れて彦都を脱出すると、彼を大元帥にして北巓に新王朝を樹立する。一方、皇帝・ほう通（ほうつう）は魏広（ぎこう）を大元帥にして反乱軍に対抗。だが、厳寛から思いがけない条件で和議の申し入れが届き…。

盛渓にいるはずの厳寛（げんかん）が複数の軍営に現れ、分身の術を使っているという噂が流れる。それを信じた兵士たちの士気が下がって負け戦になっていると知った皇帝・ほうつうは、皇后を廃位すれば和議に応じるという反乱軍側の申し出に心が揺れる。その頃、葉凝芝（ようぎょうし）は厳寛の分身の術を見破ろうと考え、危険を冒して敵地に潜入していたが…。

厳正（げんせい）の亡霊と厳寛（げんかん）の放った追っ手から命からがら逃れた葉凝芝（ようぎょうし）。彼女は魏広（ぎこう）と再会を果たし宮中に戻ると、皇帝・ほうつうに失望し、冷宮に追いやられた皇后を励ます。そんな中、和議の場で、先帝に寵愛された広定（こうてい）王ではなくほうつうが即位した経緯に正当性があるのかが問われることになる。そこで皇太后の口から衝撃の発言が飛び出し…。

皇太后が亡くなり、広定（こうてい）王が先帝の息子ではないという皇太后の発言の真偽は厳寛（げんかん）と魏広（ぎこう）の論戦によって決着がつけられることになる。そんな中、葉凝芝（ようぎょうし）は魏広を励ますため二人で山にホタルを見に行く。だが、その後、魏広は葉凝芝に論戦を託して姿を消してしまい、怒った皇帝・ほうつうは葉凝芝ではなく自分が論戦に出ると主張して…。

宮中で厳寛（げんかん）と皇帝・ほうつうの論戦が繰り広げられる一方、葉凝芝（ようぎょうし）は街に出て民衆の前で、皇太后は皇位の正当性より国の平和を大事に考えていたと語る。その言葉が民心を動かし、結局、皇姉・ほうていと広定（こうてい）王の反乱は失敗に終わったのだった。その結果、ほうつうは姉たちの処刑を決めるが、葉凝芝と魏広（ぎこう）は新たな悲劇を食い止めようとし…。

葉凝芝（ようぎょうし）は皇帝・ほうつうが魏広（ぎこう）に不信感を抱いているのに不安を覚え、魏広に皇宮を去ってほしいと言うが、彼は葉凝芝のそばにいることを選ぶ。その後、葉凝芝は女官に出世した班鈴児（はんれいじ）とともに被災民の救済へ。一方、ほうつうは丘葉国の遊説家・東方宇（とうほうう）と東方軒（とうほうけん）の兄弟にそそのかされて魏広を亡き者にしようと決意、密かに刺客を放つが…。

魏広（ぎこう）の暗殺未遂事件は山賊の仕業として片づけられ、魏広は心配する葉凝芝（ようぎょうし）にこれ以上追及しないようにと言い含めるが、朗坤には皇帝・ほうつうの刺客だったことを打ち明ける。その頃、被災地に送る米の運搬を担当する班鈴児（はんれいじ）は、周冠中（しゅうかんちゅう）の案を横取りして手柄を立てる。また、復位を願う皇后は葉凝芝の忠告に従ってほうつうに謝罪し…。

皇子・傅康（ほうこう）を助けたものの瘴気に当たって寝込んだ葉凝芝（ようぎょうし）。東方軒の治療を受けても回復せず幻覚に悩まされる彼女はひょんなことから東方軒が厳寛（げんかん）だと見抜く。それを知った魏広（ぎこう）は葉凝芝の部屋に助けに現れるが、厳寛は逃亡。折しも皇帝・ほうつうと敏（びん）妃に封じられた班鈴児（はんれいじ）が葉凝芝の見舞いに訪れ、魏広は部屋の隅に身を隠すが…。

魏広（ぎこう）と朗坤（ろうこん）は逃亡した厳寛（げんかん）と厳正（げんせい）を追跡。葉凝芝（ようぎょうし）が厳正に囚われているとの情報を得て、魏広が密かに敵陣に潜入する。一方、救済米の運搬に失敗した責任を班鈴児（はんれいじ）に押しつけられた周冠中（しゅうかんちゅう）が自害、それを不審に思った葉凝芝は調査を始める。すると、班鈴児が葉凝芝を見舞ったときに魏広が部屋に隠れていたと皇帝・ほうつうに密告し…。

葉凝芝（ようぎょうし）と魏広（ぎこう）は周冠中（しゅうかんちゅう）の件で班鈴児（はんれいじ）を告発するが、班鈴児を寵愛する皇帝・ほうつうは聞く耳を持たない。それどころか、烏磁国の平元王に盟約を申し込む使者として班鈴児を送り、ほうつうの機嫌を取ることしかしない彼女の言葉に騙され、烏磁国が味方についたと思い込む。だが、平元王は皇姉・ほうていと手を組み、梁には危険が迫っていた…。

厳寛（げんかん）の暗殺を狙っていた朗坤（ろうこん）が突然捕まり、皇帝・ほうつうの前に引き出される。巧妙に班鈴児（はんれいじ）を利用する厳寛の陰謀で朗坤の正体が火様紅（かようこう）だとばれたのだ。そして、朗坤は激怒したほうつうに殺されそうになるが、彼はあと3ヶ月の命であるほうつうを救えるのは自分しかいないと必死に訴える。そんな中、ついに烏磁国が梁に宣戦布告して…。

皇帝・ほうつうの侍医になったものの裏工作がばれた朗坤（ろうこん）は逃亡、魏広（ぎこう）の助けで起死回生の作戦に出る。一方、苦しい戦況を打開するため親征すると宣言したほうつうが朝臣たちの前で倒れる。その混乱の最中、皇子・傅康（ほうこう）の姿が消えて葉凝芝（ようぎょうし）は真っ青に。しかも、班鈴児（はんれいじ）から傅康を返してほしければ3つの条件を飲むようにと迫られ…。

魏広（ぎこう）が厳寛（げんかん）の手から皇子・傅康（ほうこう）を救い出し、皇帝・ほうつうもようやく班鈴児（はんれいじ）の本当の姿に気づいて改心する。だが、戦場では梁の20万の大軍が全滅し敗戦の危機に。そこでいよいよ魏広が統帥に任命されるが、死を覚悟した上での出征となる。一方その頃、野心を隠す厳寛はほうつうを暗殺するようにと広定（こうてい）王をそそのかしていた…。

皇帝・ほうつうの暗殺に失敗した皇姉・ほうていと広定（こうてい）王が処刑され、魏広（ぎこう）は葉凝芝（ようぎょうし）に涙の別れを告げて厳寛（げんかん）と対決すべく前線に戻っていく。一方、皇宮で皇后は静かに息を引き取り、朗坤（ろうこん）は遠くでその知らせを受け取ったのだった。そして、梁は辛くも戦争で勝利を収め、ほうつうの後を継いで皇子・傅康（ほうこう）が即位する。それから10年後…。

『ブラックリスト』には、同級生のアンドリュー、ハイライト、バンタット、ジンベエ、タイトルの姿が。トラフィックは学園内で暗躍する闇の組織『神の手』が姉の失踪に関わっていることを知り、『ブラックリスト』のメンバーとともに周辺人物を調査することに。『神の手』と接触した人物を尾行するなか、アンドリューは自身を差し置いてリーダーに選ばれたトラフィックの作戦に納得のいかない様子だったが…。

ハイライトは、彼女のオレンジに危険が及ばないよう『ブラックリスト』のことを話せずにいた。そんな中、学園内で起きたある事件と『神の手』との関連を調査すべく、被害者のジュートの元を訪れると、彼は建物の屋上から飛び降りようとしていた。ハイライトは彼の自殺を止め犯人捜索を約束するも、精神的に追い詰められたジュートはとんでもない行動に出る。

初恋の相手であるカップケーキと再会するタイトル。しかしカップケーキの兄であるダークは、闇の組織『神の手』から追われていた。愛する人を守るため、タイトルは『ブラックリスト』のメンバーには知らせず、ダークと2人で『神の手』とそのリーダーが集まる場所へと乗り込むのだが…。

ダークに裏切られ大怪我を負ったタイトルは、これ以上仲間に危害が及ばないよう『ブラックリスト』を抜けることに。ジンベエは情報収集のため『神の手』の一味になりすまし、彼らが運営するカジノへの潜入を試みる。しかし、そこには何故かキャロットの姿が…。

バンタットは学校内で流行りだしたあるゲームと『神の手』との関連を調べる中で、校長の姪であるライラと急接近する。一方、他のメンバーは新設された学習サポート集団『アイジーニアス』へ潜入調査をすることに。タイトルは生徒会へ入会し、生徒会長のキャンプから『ブラックリスト』のメンバーを監視するように命じられる。

『神の手』によって薬物を盛られたアンドリュー、ハイライト、ジンベエは病院に運ばれる。さらに、バンタットが何者かによって連れ去られてしまう。そんな中、ハイライトはオレンジがタイトルと親しげに話す姿を目撃。オレンジをめぐって、ハイライトとタイトルは口論になってしまう。

『神の手』のある計画を阻止するため、そしてバンテットを救出するため『ブラックリスト』のメンバーは敵のアジトに潜入する。しかし、『神の手』の一味に何故かタイトルの姿が…。

バイキングとキャンプが『神の手』のメンバーだったことで生徒会は解散となり、校内に平和が訪れたかのように思えた。しかし、ワンパデットはクリン校長が黒幕であると疑っていた。そこで『ブラックリスト』のメンバーに証拠を集めるよう指示するも、その強引なやり方にトラフィックは不信感を募らせていた。