居酒屋チェーンを全国展開する外食産業の社員・姫野美那子（加藤貴子）が、自社のキッチン工房で頭から血を流して死んでいるのが見つかった。

雑木林の土中から、女性の射殺体が発見された。臨場した特別捜査対策室のリーダー・佐倉路花（戸田恵子）は、遺体の顔を見て驚く。

バーのママ・中松里香子（朝海ひかる）が、店内で殺されているのが見つかった。

雨宮宏（永井大）がランニング中、男性の撲殺死体を発見した。臨場した糸村聡（上川隆也）は、被害者のカバンから1枚の紙を見つける。

ジャズサックス界のトッププレイヤー・新庄リュウ（葛山信吾）がステージで演奏中、突如、苦悶し絶命する事件が起きた。死因は毒物による中毒死と判明するが、どこに毒が仕込まれていたのかすぐには特定できず、鑑定の結果待ちの状況だった。そんな中、糸村聡（上川隆也）は遺体のポケットから、小さなケースに入った人差し指大の薄い板を4枚見つける。それはサックスを吹くときにマウスピースにつける“リード”のようだったが、『2/10』『2/11』『2/15』『5/3』という謎の数字がそれぞれ記入されていた。

一月前に閉店した飲食店で、暴力団幹部・金子仁（本宮泰風）の刺殺体が見つかった。元店長の久保田英二（増田修一朗）が備品整理のため店を訪れたところ、遺体を発見したという。臨場した糸村聡（上川隆也）は、現場で2つに割れたクルミ大の石を発見。何の変哲もなく、しかも2つに割れた石を暴力団幹部がなぜ持ち歩いていたのか、疑問を抱く。

撮影所内のオープンセットで若い女性の絞殺体が見つかった。臨場した糸村聡（上川隆也）は、被害者が所持していたお手玉を発見。シャンシャンと澄んだ音が鳴る、その赤いお手玉に興味をそそられる。事件発生時、撮影所では人気アクション時代劇シリーズの最新作を撮影中で、主演女優・大峰恵（高梨臨）が遺体を発見したという。

家出人探し専門の私立探偵・西野伸太郎（片桐仁）が、自身の事務所で刺殺されているのが見つかった。臨場した糸村聡（上川隆也）は、サイドボードにあった花瓶の中から思いもよらぬものを発見して驚愕する。糸村が見つけたのは、なんと人間の頭蓋骨の一部――。さらに驚いたのは、それが約200年前のものだという事実！ 科捜研研究員・村木繁（甲本雅裕）の鑑定の結果、その頭蓋骨が江戸時代後期のものとわかったのだ。

休日、科捜研研究員・村木繁（甲本雅裕）と登山を楽しんだ糸村聡（上川隆也）。日没が近くなったため避難小屋で一晩明かすことに決めるが、なんとたどり着いた山小屋で男の遺体を発見する。傷の状態から察するに、山から滑落し、なんとか懸命に小屋までたどり着いたものの力尽きてしまったようだ。所持品から、身元は貿易会社の社員・瀬川彰（橋本淳）と判明。糸村はまた、瀬川が所持していたリュックの奥底から、緑色のキャンドルを見つける。

神戸港を周遊する遊覧船で爆発が起き、乗員乗客を人質に取られる事件が起きた。

　放火殺人の容疑で逮捕された赤木一雄が所轄署から逃走…

子ども向け科学番組のMCとしても人気の大学准教授・梨田智也（袴田吉彦）の刺殺体が、自宅マンションで発見された。

　京都財界の有力者・竹原総二郎が、自宅に押し入った強盗を猟銃で射殺する事件が起きた。

　京都市内の森林で不動産会社社長・東條志津子の刺殺体が見つかった。

　所轄署の警察官・西岡良平が殺害される事件が発生。

小説家の尾上雅彦が、河川敷で死体となって発見された。

森林公園に続く遊歩道で、イベント制作会社社長・柴田亜弓の絞殺死体が見つかった。

結婚式場のトイレで、黒留袖を着た中年女性の絞殺死体が発見された。

文化庁美術品危機管理対策課、通称“文化財Gメン”のメンバー・長津涼子が、山中の岩場で遺体となって見つかった。彼女は1カ月前、古い仏像を、“円刻寺”の裏山にある祠の中から発見。

イベント企画会社社長・山田一郎の遺体が、事務所内で見つかった。死因は、毒物による中毒死と判明。山田は生前、“チョコレートフェスティバル”というイベントを企画しており、そのフェスティバルに参加するチョコレート専門店から集めた出店料が盗まれていた。

糸村聡ら特別捜査対策室のメンバーは、氏家刑事部長の指示により、1カ月前、人材派遣会社社長・桑原達也が自宅で殺害された事件の捜査に協力することになった。

糸村聡と一緒に川釣りに出かけた科捜研研究員・村木繁が、偶然遺体を発見！その身元は経営コンサルタント・加藤明義と判明、頭部を石のようなもので殴られ殺害されていた。

海外の映画賞にもノミネートされるなど、今をときめく衣装デザイナー・井波幸俊が、自身のアトリエで死体となって見つかった。第一発見者はアシスタントの里中浩平で、里中によると、井波は死の直前まで映画の美術監督・山野辺達仁と作品の方向性をめぐって言い争いをしていたという。

平安時代から続く名家である“鴻上家”で、亡き当主の妻・美沙子（銀粉蝶）が遺体となって見つかった。美沙子は10年前に夫を亡くして以来、広大な屋敷でひとり暮らしを送っていた。

大手スポーツクラブに所属する水泳選手・宇多田貴史の遺体が、プールに浮かんだ状態で発見された。深夜にひとりで練習していたところ、何者かに頭部を鈍器のようなもので殴られ、殺害されたようだ。

自転車で京都の町を走っていた糸村聡は、ひょんなことから開けっ放しになっている付近の住宅に気づき、中から男性の刺殺死体を発見する…！　現場となった住宅は所有者不明の物件で、被害者は勝手に上がり込んで生活していたようだ。

京都市内のホテルのVIPフロアで爆発が起き、ベンチャー企業の社長・冨樫一規が殺害された。偶然、近くに居合わせた糸村聡は、爆発音を聞いて現場に急行！

京都市内の神社で男性の刺殺体が発見され、臨場した糸村聡は驚く。殺されていたのは昨夜、同窓会の会場で見かけた男性だったのだ。同窓会といっても糸村自身のものではなく、現在、入院中の強盗傷害事件の被害者の思いを伝えるため、代理として出向いたのだった…。

事件現場に残された「遺留品」が持つ意味を徹底的に探り、声なき遺体が訴えたかったメッセージを代弁。事件そのものを解決するだけでなく、遺族の心情をも救う優しさと、超マイペースで空気を読まない不思議キャラで、視聴者を虜にしてきた刑事・糸村聡――。

“ゴッドハンド”とよばれる脳神経外科の名医・今平卓が京都市内の自宅で射殺されているのが見つかり、糸村聡たち“京都府警特別捜査対策室”のメンバーは臨場する。