蜀山での騒動の後、玉無心は陰風谷（いんふうだに）に、丁隠は蜀山に幽閉される。丁隠を励まそうと、青雲（せいうん）は思わず丁隠を好きだと口走る。南明離火剣が奪われた蜀山では結界の封印が弱まり、掌門は新しい使命を弟子たちに託すと同時に罠を仕掛け、内通者の正体を探り始める。

南明離火剣を失った蜀山結界の封印を強化するため、諸葛馭我は丹辰子らに神剣を探し求める旅を命じ、張餡餅も同行する。蜀山とのしばし別れを惜しむ四人の元へ掌門が丁隠を連れ、激励に現れる。青雲は驚きながらも丁隠に告白を聞かれたのではと動揺する。

丁隠も加わり、下界で五人の剣探しの旅が始まった。一方掌門の策にかかった屠媚は蜀山に捕らえられ、内通者の正体を明かし殺してしまう。本当に彼が内通者？疑念を抱く諸葛馭我。玉水鎮（ぎょくすいちん）で陶然居（とうぜんきょ）を探す途中、青雲と紫英が馬賊にさらわれ姿を消す。

丁隠たちは赤星百煉の石を持つ馬賊の頭の馬元龍と死闘を繰り広げ、青雲と紫英らを含む捕らわれた女たちを救いだし、馬元龍の肉体を滅ぼす。緑袍警我は自ら蜀山へ向かい、屠媚を救いだす。傷が癒えた玉は勇気を振り絞り、初めて警我に逆らうが…

丁隠を苦しめたくない、復讐を止めて―玉の渾身の願いは父警我へは届かず、玉は陰風谷から南明離火剣を持ち出し、姿を消す。一方、丁隠一行はようやく陶然居へ辿り着き、思いがけず青雲は産みの親と再会を果たすが、出生の秘密を知り顔が曇る。

青雲も玉と同じく天域魔宗の血を引く娘であった。その事実を受け入れられず、ふさぎ込む青雲。丁隠にも自分の想いを伝えられず、生母の範小雪（はんしょうせつ）にも何かと辛く当たってしまう。心配した範氏が、青雲の好きな人が丹辰子らと勘違いしたため騒動が勃発。

丁隠らは、書物から神剣の行方を負うため蔵経閣（ぞうけいかく）に入らせてほしいと範氏に頼むが、範氏はなかなか首を縦に振らない。青雲の縁談話にかこつけ、大荒八魔が陶然居を襲う。丁隠らも加勢して大荒八魔を退治し、青雲は範氏を母と認めるのだった。

蜀山一派は範氏の力添えで蔵経閣に入れてもらい、剣術や赤魂石のための書物を授かる。青索剣の在り処も判った。一方天域では、陰風谷へ屠覇が姿を現し、南明離火剣を玉に持ち出された警我を問いただす。剣も娘もすぐに取り戻すと屠覇に息巻く警我だが…。

警我は自分を牽制しようとする屠覇に歯向かおうとするものの、あと一歩のところで腹心の九毒の裏切りに遭い、蝶王（ちょうおう）を奪えずに屠覇に痛めつけられる。武当掌門のところでは、紫英が丁隠らを誘惑し、青索剣を盗むようそそのかすのを玉と五鬼天王（ごきてんおう）が目撃する。

紫英は武当掌門に化けた屠媚の術にかけられ、丹辰子を誘惑し青索剣を盗ませ罠に陥れる。更に屠媚は西域の妖僧天域法師と手を組み蜀山一派に襲いかかる。岩壁の中に幽閉された玉と五鬼天王は本物の武当掌門らを見つけ、丁隠らを救いに行こうとするが…

武当と玉無心、五鬼は協力し、屠媚と天域和尚が張った結界を破り丁隠と丹辰子を助けだす。張餡餅は邪気に冒された紫英へ生き血を与え、命を救う。玉は丁隠に面会を求めるが、ようやく現れた丁隠は玉の告白に対し、二人の縁はここまで』と冷たく言い放つ。

蜀山一行はようやく本物の武当掌門の導きの下、翠屏峰（すいへいほう）へ神剣を探しに向かう。道中で丁隠は五鬼の術にかかり、青雲の目の前で、玉に気のあるそぶりを見せてしまう。傷つき丁隠から離れた青雲に剣霊が近づき、青雲は剣霊に試され、無事に青索剣を手にする。

青索剣を得た丁隠らは青崇山（せいすうざん）へ神木剣を探しに向かう。何故か玉無心も同行し、一行は余明嬢（よめいじょう）の歓待を受ける。一方馭我は山中でようやく素因と再会を果たす。素因は警我と一体化しており、屠覇に追われる二人を馭我が助けるものの、素因の意識が戻らない。

警我は馭我に、素因と一体化した理由を明かす。師弟の絆を取り戻しつつある二人へ、屠覇の追撃の手が迫る。一方青崇山で神木剣を探す丁隠らは、余明嬢が仕掛けた罠にかかり、青雲と玉無心が毒針に刺されてしまう。解毒剤は一人分のみ、どうする丁隠…

丁隠は解毒剤を青雲に飲ませ、玉のことは自分の身を挺して救おうとする。そこへ小蝶（しょうちょう）が駆けつけ、全員一命を取り留める。小蝶は母親の余明嬢が神木剣を折ったのは、謎の失踪を遂げた父親のせいだと丁隠らに明かす。一方余明嬢は、張餡餅へ秘薬を渡し…

一行は神木剣修復のため烏鷺居士（おろこじ）の下を訪ねる。居士が明かす父親失踪の真実に涙する小蝶。丁隠は赤魂石の力で神木剣を修復する。一方馭我と警我へ屠覇が襲いかかる。良心に抗えず秘薬を使った張餡餅は紫英に刺され、紫英を庇い逃げる途中、虎に狙われ…

血痕のついた衣類と紫英の剣を残し、張餡餅は姿を消す。紫英が刺し殺したと疑う丁隠は衝動的に仲間のもとから離れ飛び出す。後を追う玉。そこへ屠覇が現れ、丁隠から強引に赤魂石を引き出そうとする。警我、馭我が阻止しようと屠覇と死闘を繰り広げる。

瀕死の傷を負った警我の身体から素因が分離して姿を現し、溶血の陣を用い赤魂石の力で警我と丁隠を繋ぎ合わせ、再び姿を消す。目覚めた警我は止めなかった馭我への憎しみをぶつけ、陰風谷へ戻る。そこへ真の内通者として訪れたのは、蜀山の公孫無我だった。

目覚めた丁隠は玉への永遠の愛を誓い、二人は結ばれる。しかし五鬼の罠にかかり、玉は陰風谷へ連れ戻されてしまう。丁隠は焦るが、掌門と交わした約束を思い出し、最後の神剣 紫郢剣（しえいけん）を求め莽蒼山（うんちゅうらい）へ向かう。そこでは素手医仙が幽冥剣を封じようとしていた。

玉は警我の水晶石から、素手医仙が実の母親であると見抜く。丁隠らが素手医仙と莽蒼山へ入るや否や、幽冥剣（ようめいけん）の剣霊と思われる山賊の風貌をした男が襲いかかってくる。そこへ玉が素手医仙を連れて現れる。素手医仙が二人？どちらが本物なのか…

丁隠らと一緒にいた素手医仙は、玉の攻撃を受け屠媚の姿に戻る。屠媚は本物の素因と対峙し、警我の心が自分に向いていないことを悟る。傷ついた屠媚は警我に思いのままをぶつけ、二人は揉み合いになり…。そして、丁隠も姿を消していまう。

蜀山一同は本物の紫郢剣の剣霊を発見し、紫郢剣も紫英の手に渡った。張餡餅のお守りが結んでくれた縁だ。丁隠と張餡餅以外の青雲ら三人は、三本の神剣を携え蜀山へ戻る。玉は瀕死の丁隠を救い、五鬼へ嫁ぐ約束と引き換えに血飲刀を持たせ陰風谷から見送る。

蜀山へ戻った紫英と青雲は紫青双剣（しせいそうけん）の稽古に励むが、紫英の体調が思わしくない様子。陰風谷では、緑袍が五鬼へ蜀山との最終対決を手伝うよう持ちかける。蜀山へ緑袍から挑戦状が届き、そこには丁隠と血飲刀を陰風谷へ渡さぬと、蜀山を滅ぼすと綴られていた。

蜀山内部の異変に気づいた丁隠と丹辰子は公孫無我が内通者ではと疑い始めるが、証拠が見当たらない。丁隠は軟禁され、その隙を狙い魔宗が天門峰の結界を超え、緑袍が蜀山へ攻め込む。掌門自らが緑袍と一騎討ちを始め、蜀山全体を揺るがす戦いが幕を開けた。

丁隠の赤魂石の力で、降魔塔で大暴れしていた悪霊を再封印できたが、この戦いで妙一が命を落とす。怒りに震える丁隠は、緑袍と真っ向から対峙するが、五鬼に見せられた玉の幻覚に気を取られ、陰風谷へ捕らえられる。そこで緑袍が驚くべき真実を明かす。

蜀山の大戦で丁隠がとどめを刺し、緑袍と素因は命を落とす。泣き崩れる玉。自らも瀕死の重傷を負った丁隠は赤魂石の力で死の淵から蘇り、丹辰子に連れられ蜀山へ戻る。蜀山へ戻った丹辰子は、紫英が張餡餅の子を宿していたという衝撃の事実に愕然とする。

張餡餅の子を宿したが産むことができなかった紫英は丹辰子に、涙ながらに真相を打ち明けるが、丹辰子は受け入れられない。公孫無我は諸葛馭我の前で本性を現わし、積年の恨みをぶつける。混乱の中、諸葛馭我は丹辰子を新掌門に丁隠を長老に命じ崩御する。

点蒼峰（てんそうほう）の長老になった丁隠は禁忌を破り、血影神功の術を弟子たちに修得させ、蜀山の戦力を強化すると息巻き、反対する新掌門丹辰子と対立し始める。陰風谷から戻って以来、人が変わったかのように傍若無人に振る舞う丁隠の姿に、青雲は戸惑いを隠せない。

玉は五鬼と陰風谷を正の道へ導き直そうと決意する。一方、豹変した丁隠の暴走は止まらず、巧みに策を講じて新掌門となった丹辰子を弾劾し、凝碧崖（ぎょうへきがい）に幽閉する。その上、紫英を手先として操り、丹辰子を死に追いやった上で公孫無我を新掌門へ仕立てあげる。

丁隠が邪気に呑まれた原因は、血影神功と赤魂石の力で死の淵から蘇ったことが関係していた。丁隠は陰風谷へ決闘状を送りつけ、青雲は玉へ助けを求める。丁隠は血影神功を修得した弟子たちを連れ、陰風谷へ発つ。世にも恐ろしい大戦が始まろうとしていた…