社員を激励するために工場を訪れたインジュンは、外回り中のヘラと会う。インジュンは会わせたい人がいると母の納骨堂にヘラを連れて行き、結婚相手だと紹介する。そんな中、４年前のインジュンの日記を盗んだヘラは、姉が倒れた日にインジュンが実家を訪れていたことを確認。ジョンミンから当時のことを聞き出すが…。

ヘラがインジュンに計画的に近づいた証拠として、テオの家で発見した手紙をインジュンに渡したスヒョン。テオにはヘラを殺して手紙の差出人を明かせば腎臓を渡すと取引を持ちかけ、真実を暴こうとする。その頃、インジュンは思い悩んだ末、自分に隠していることはないかとヘラに尋ねる。ヘラは素知らぬ顔でやりすごすが…。

ヒョン室長はジョンホの悪事を隠す代わりに、インジュンに経営権を分けて欲しいとソンスクに告げる。一方、インジュンはヘラが結婚の話が出る前からソンスクに会っていたと知り、彼女への疑いを深める。その頃、マッサージを頼まれてソンスクの邸宅を訪れたソニョンは、ジョンホの妻アジョンが密かに集めた録音テープを聞き…。

ヘラはインジュンから自分と結婚する理由を問い詰められるが、無言でその場から立ち去る。その頃、思いがけずヒョンジュの事件の重要な証拠を手に入れたソニョン。急ぎヘラに連絡するが、そこに車が通りかかり…。ソニョンがヘラのスパイだったことを知ったソンスクは、インジュンとヘラを陥れるため、ある策略を練る。

ソニョンの死にショックを受けるウィゴンは、ヘラに怒りをぶつけて家を出る。一方、チャンスと会って、ヒョンジュの事件を巡るヘラの秘密をすべて知ったスヒョン。インジュンに知らせようとするも、彼は電話に出ようとしない。その頃、ソニョンの死に打ちのめされていたヘラは、ある目的のためにインジュンの自宅を訪れていた…。

ピルスンを殺した犯人のチェ・テジュンを追うソンチョルは、犯人へ繋がる手がかりとなる人物を捜し出す。イルフは近所に住む女子高生のユンギョンが失踪したことを聞かされ、彼女の行方を捜し始める。チョ会長が逮捕され東方派の実質的なボスに成り上がったサンモだったが、実はある人物と手を組んでいた。一方、何者かの差し金でジェムンの先輩であるミン弁護士がテジュンに狙われる。

テジュンを追いかけるうちに顔を揃えた捜査チームの面々は、ジェムンからジンピョンの死を知らされる。しかし、イルフは再びメンバーとして手を組むことを拒む。イルフはユンギョンの行方を、ソンチョルはピルスンの件を、ジェムンは引き続きジンピョンの事件を調べていく中で、各自がおかしな点に気付き始める。そして、特捜３部内に潜むスパイを捜すジェムンは、ある人物に疑いの目を向ける。

ソンチョルがテジュン殺害の容疑者に、また、ジンピョンの車からガンジュの携帯が出てきて、ガンジュはジンピョン殺害の容疑者になってしまう。一方、ユンギョンが運んだ麻薬を売っているボスに会いに行ったイルフだったが、そこに現れたのは予想外の人物で…。ユンギョン失踪とジンピョンの事件が関係していることを知ったジェムンとイルフは、ソンチョル、ガンジュ、ユンギョンを助けに動く。

ソッギを名乗る男の正体を暴くためホテルへ向かったイルフだったが、サンモ一味に取り囲まれてしまう。一方、特捜３部のパク・ジンテ係長を怪しんでいたジェムンは、彼を捕まえようとファン・ミンガプ刑事と共に車を走らせていた。ところが、その道中イルフからの連絡でサンモと繋がっていた人物がファン刑事であることが明らかとなり…。緊迫した車内で繰り広げられる壮絶な攻防戦の行方は。

ついにファン刑事を捕まえたジェムンは、責任を取ると約束したパン検事正に解決を求めるも彼は意外な行動に出る。一方、指名手配犯になってしまったジェムンとイルフら。サンモをおとりにしてジェムンを捕まえようと考えるファン刑事だったが、そのことに気付いたジェムンは逆に一発食らわせることを計画する。果たして、ジェムンはソンチョルとガンジュを助け出すことが出来るのか…。

ジェムンらをおびき寄せることに失敗したファン刑事。逆にジェムンたちの作戦に不意打ちを食らうこととなった。ファン刑事はサンモに少しだけ刑務所に入れと言うが、すんなり従うはずはなく…。一方、仁北洞女子中学生殺害事件の容疑者チェ・ミンチョルの弁護を担当しているミン弁護士だが、その件とユンギョンの件は同じくねつ造されたもので、裏では特捜３部が動いているというのだが…。

特捜３部による事件のねつ造を証明するには、仁北洞事件の目撃者の証言が鍵となる。キム弁護士に同行し目撃者に会いに来たイルフだったが、指名手配犯であることが周囲にバレてしまう。一方、ジェムンは一歩間違えれば自らが捕まってしまう緊迫した状況の下、サンモを使いファン刑事率いる特捜３部を潰しにかかろうとする。そこへ病状が思わしくないソンチョルも捨て身である行動に出る。

パン検事正はペ市長に呼び出される。誓元（ソウォン）拘置所の視察の際、ペ市長がチョ会長と面会していたことを事前に知っていたパン検事正は、会長は出所するために市長を利用しているだけだと忠告するがペ市長は聞く耳を持たない。一方、パン検事正を信じ、サンモを連れて検察を訪れたジェムン。記者会見をすることになったパン検事正は、自らが立ち上げた特捜３部の内部不正を公にするのか、それとも…。

追加拘束令状が棄却され、チョ会長は釈放された。その裏にはペ市長の姉の存在あり、釈放させた代わりにペ市長がもう一度当選できるよう仁西洞再開発の件を手伝ってほしいと会長に告げる。突然の再開発の再開により、仁西洞の河川一体にある市場の人たちはデモを行うが東方派の新しいボスであるイルガンにより潰されてしまう。一方、ジェムンはサンモが拘置所で何者かに殺害されたと知らされる。

パン元検事正の退職後久しぶりに集まったジェムンらは、チョ会長を捕まえるため一丸となる。仁西洞再開発事業の不正が暴かれ、次の選挙で市長になるのが危うくなったペ市長。ペ市長の姉はアメリカにいる娘のセギョンを呼び、何かを企むのだが…。一方、チョ会長が再開発の件から手を引くと発表した日の朝、会長の部下だったキム専務が自殺し、遺書には全て自分がやったことだと書かれていた。

キム専務の死に怪しい匂いを嗅ぎつけたジェムンらは、彼を殺害した犯人を捜し始める。キム専務の所持品のレシートから不可解な点を見つけたソンチョルは、長年の刑事の勘を頼りに捜査し、防犯カメラに映る不審な車を特定する。一方、チョ会長に会いに行ったジェムンは、裏にいる大物は誰なのかとチョ会長に尋ねる。専務を殺害した黒幕に近づくにつれ、ソンチョルにも魔の手が忍び寄る。

キム専務の殺害を指示したのはペ市長の姪のセギョンだった。ソンチョルの死を悲しむジェムンたち。ソンチョルを殺したヤクザの跡をつけ、どうにか捕まえるが…。一方、ペ市長らの会話を盗聴していたソンチョルのメモリーカードが意外な場所から発見される。果たして、ジェムンたちはペ市長、チョ会長をはじめとする”悪いやつら”を捕まえ、権力に正義が脅かされる誓元（ソウォン）市の現状を変えることができるのか…。

謎の車に狙われたヒョンジンを間一髪で救い出しだスヒョンは、依頼人は自分のすぐ近くにいると知る。ヒョンジン母娘の無事を交渉材料にされたスヒョンはソ議員殺害を遂行するが、追跡してきたヒョンジンに追い詰められる。警察ではソ議員狙撃事件の合同捜査本部が立ち上がり、過去の未解決連続殺人事件も見据えて究明に乗り出す。

ソ議員の関係者への事情聴取が始まり、ソ議員の部下としてハンソル養護施設の教育係だったパク・テスが現れ、ヒョンジンは過去のトラウマがよみがえり動揺する。そんな中、ト会長は番号で呼ばれた子どもへの執刀を秘密裡に遂行していた。ヒョンジンの母を追ってト家に潜入したスヒョンは、ト会長の部屋で意外な映像を見る。

19年前、ト家の養子になったヨンウンに会うため施設を抜け出したことを思い出したスヒョンは、番号の子どもたちが始末されたことや、自分を無残に捨てたト会長が実の父かもしれないと知り動揺する。過去を明らかにしたいスヒョンは依頼人のジヘに対し、88番のキラーとして「ト会長について話せ」と反対に脅迫する。

ソ議員の捜査を進めるヒョンジンは、ハンソル養護施設から消えた子どもたちの名簿の存在を知る。やがて養護施設そばの山中から子どもの白骨死体が発掘されたという何者かのタレコミから、ト会長と事件との関連性が明らかになるが、捜査令状はあえなく棄却される。ヒョンジンは落胆する仲間を鼓舞し、独自捜査に乗り出すが……。

依頼人のジヘに接触したスヒョンは、5番目のターゲットを殺せばト会長と自らの関係や今も番号の子どもが殺されている理由がわかると告げられる。ト会長への憤りを新たにしたスヒョンは、会長を待ち伏せして揺さぶりをかける。一方、ヒョンジンは養護施設そばで発見した変死体とスヒョンのつながりを疑っていた。

変死体が発見されたことで養護施設に関する調査が動き出し、ヒョンジンはユン検事とともに過去の人工授精のうわさを探ろうとト会長に接触する。88番の子どもの生存を把握し、秘密が明るみになるのを危惧したト会長は、連続殺人事件の首謀者である秘書のジヘをおとりに、仲間をおびき寄せて事態を収拾しようと企む。

スヒョンをかばってナイフで刺されたヒョンジンは、傷の手当もそこそこに現場へ戻り、さらわれたジヘのものと思われるイヤリングを発見する。ヒョンジンが連続殺人事件の有力容疑者をコ・ヒョヌだと睨んでいることを知ったスヒョンは、ヒョヌを問い詰める。一方、ヒョンジンの母はスヒョンが、死んだ娘の白血病のドナーの少年だったと気づく。

ユン検事が入手した2000年のセハンFTバイオの監察記録には衝撃的なことが書かれていた。その情報提供者がコ・ヒョヌであるとわかり、ト会長への容疑が色濃くなる。スヒョンがセハン病院に潜入し５番目のターゲットへの接近を始めるなか、ヒョンジンはト会長の車載カメラに記録されたデータから、見覚えのある車の映像を見つけ驚愕する。

スルギを襲ったパク・テスと戦うスヒョンの姿を見て疑いを強めるヒョンジンに対し、スルギはスヒョンを擁護し、14年前に目撃した事件のことを伝える。スヒョンのことを信じたいヒョンジンだったが、偶然、動物病院の地下の隠し部屋の存在を知る。そこには無数の武器と、思い出の紙飛行機が残されていた。

動物病院の前でジヘの死体が発見される。ジヘの残したUSBに記録されていた証拠からト会長の容疑を確信した合同捜査本部はコ・ヒョヌの右腕の存在を確信する。ユン検事はヒョンジンが何かを隠しているのではと気づく。その頃、スヒョンはセハン病院で人工授精卵を培養している研究室を突き止めていた。

指示された場所にヒョンジンが赴くと、そこには指名手配され行方をくらませたスヒョンに保護された番号の子どもたちがいた。子どもたちを託したスヒョンはヒョンジンの必至の制止に耳を貸すことなく消える。海外逃亡を図ろうとしたチュ院長はコ・ヒョヌにより始末され、逃げ場を失ったト会長は開き直り、逮捕されるが…。

病院から家に戻ったスルギはヒョンジンに対し、スヒョンを見逃してほしいと泣きつく。コ・ヒョヌが逮捕された警察では、臓器密売容疑で逮捕されたト会長の勾留礼状請求がまたもや却下され、ト会長は保釈される。ト会長殺害を最終目的に暴走するスヒョンに、これ以上殺人を犯してほしくないヒョンジンは必至の捜索を続ける。

ハン・ガヨンは、父ハン・スチャンが経営するセルズビューティーの代理として働く日々。ある日、容器の製造を発注しているファガンガラスに出向いたガヨンは、借金取りのチンピラと乱闘するユン・ジョンハンを見て驚く。